دورههای پکیج آموزشی بیوانفورماتیک پیشرفته (برای مشاهده سرفصل ها کلیک کنید)
- مبانی اومیکس، سیستم بیولوژی در زیستشناسی
- دیتابیس های مهم در سیستم بیولوژی
- برنامه نویسی مقدماتی R
- آموزش کامل آنالیز داده های میکرواری
- متاآنالیز داده های میکرواری
- آموزش TCGA
- Functional Enrichment و نمودارها در R
- تئوری گراف و ارتباط توپولوژی نتورک با عملکرد سلولی
- انواع شبکههای زیستی (مانند PPI، ceRNA، شبکه های Functional enrichment)
- ترسیم گراف با پکیج ggplot2 و سایت های رسم شبکه های زیستی
- ترسیم و آنالیز شبکه ی ceRNA و کار با سایتواسکیپ و پلاگین های کاربردی آن
- آنالیز غنی سازی با enrichr، David و ژن انتولوژی
- رسم شبکه co-expression با WGCNA
- رسم و تحلیل نمودارهای هیت مپ، PCA، volcano plot و غیره
- ترسیم نمودار Roc
- کار با نرمافزار gephi
- آنالیز بقا (Survival analysis)
- مروری بر توالی یابی نسل بعد ،کاربردها و انواع آن (بررسی پلتفرم ها)
- آموزش Linux essential و آشنایی با محیط R
- آنالیز مرحله اول (Primary Analysis) داده های NGS شامل Filtering و Trimming و معرفی فایل FASTQ
- آنالیز مرحله دوم (Secondary Analysis) داده های NGS و Alignment آن با ژنوم مرجع
- تبدیل فایل FASTQ به فایل های SAM و BAM
- Variant Calling و کنترل کیفی آن
- آنالیز مرحله سوم (Tertiary Analysis) شامل Annotation
- Filtering و Prioritization واریانت ها
- تفسیر نتایج براساس گایدلاین ACMG
- آنالیز توالی یابی سنگر
- RNA Sequencing
- مقدمه ای بر برنامه نویسی
- نصب محیط برنامه نویسی
- خواندن ورودی از صفحه کلید و نمایش آن بر روی صفحه نمایش
- متغیر ها و انواع داده ها و توابع پیش فرض
- عملگرها (انتسابی، حسابی، مقایسه ای، منطقی)
- شرط ها If و If-else و If-else Nested
- رشته ها (Accessing Strings, Basic Operations, String slices, Function and Methods)
- ساختمان های داده (Sets, Lists, Tuples, Dictionaries)
- حلقه ها (for, while, Pass break continue)
- توابع (تعریف و استفاده،Lambda, Generator )
- مدیریت خطا (Try … except, Debugging)
- ماژول ها (آماری، ریاضی)
- کار با زمان
- فایل ها (ایجاد کردن، باز کردن، خواندن، نوشتن، حذف کردن)
- مدیریت پکیج های پایتون نصب پکیج ها، غیر فعال سازی پکیج ها، نمایش پکیج ها
- کار با پکیج ها (BioPython, NumPy, Matplotlib)
- مفهوم شی گرایی(Class and object, Attributes, Inheritance, Overloading, Overriding, Data hiding)


