داکینگ مولکولی چیست؟

در زمینه مدل سازی مولکولی ، داکینگ روشی است که جهت گیری ترجیحی یک مولکول را به مولکول دوم در هنگام اتصال به یکدیگر پیش بینی می کند تا یک مجموعه پایدار تشکیل شود. این دانش جهت گیری ترجیحی به نوبه خود می تواند برای پیش بینی قدرت ارتباط یا میل اتصال بین دو مولکول استفاده شود و این کار را به کمک توابع امتیاز دهی انجام می دهد.

ارتباط بین مولکول های بیولوژیک مرتبط با هم مانند پروتئین ها ، پپتیدها ، اسیدهای نوکلئیک ، کربوهیدرات ها و لیپیدها نقشی اساسی در انتقال سیگنال دارد. علاوه بر این ، جهت گیری نسبی دو واکنش گر متقابل ممکن است بر نوع سیگنال تولید شده تأثیر بگذارد (به عنوان مثال ، آگونیسم در مقابل تضاد). بنابراین ، داکینگ برای پیش بینی قدرت و نوع سیگنال تولید شده مفید است.

داکینگ مولکولی، متدی است که اخیرا از آن در طراحی دارو بر پایه ساختار آن استفاده می شود چرا که می تواند محل اتصال لیگاند و مولکول مورد نظر را پیش بینی می کند و همچنین اطلاعاتی در زمینه نحوه اتصال نیز به کاربر می دهد. خصوصیات و جزئیات اتصال نقش مهمی در طراحی منطقی داروها و نیز توضیح فرآیندهای بیوشیمیایی پایه ای دارد.

رویکردهای اتصال

دو رویکرد بسیار محبوب در بین جامعه داکینگ مولکولی وجود دارد. یک رویکرد از یک روش تطبیقی استفاده می کند که پروتئین و لیگاند را به عنوان سطوح مکمل هم توصیف می کند. رویکرد دوم شبیه سازی فرآیند اتصال واقعی است که در آن انرژی متقابل اتصال لیگاند و پروتئین محاسبه می شود. هر دو این رویکرد ها دارای مزایای قابل توجه و نیز برخی محدودیت ها هستند.