PCR-RFLP چیست؟

تکنیک PCR-RFLP با نام کامل Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism از دو تکنیک PCR و RFLP تشکیل شده است که تکنیک PCR جهت تکثیر ناحیه خاصی از DNA که SNP در آنجا رخ داده است، انجام می گیرد و از تکنیک RFLP برای تشخیص SNP مورد مطالعه بهره می گیریم.

تکنیک PCR-RFLP که CAPS نیز نامیده می شود (Cleaved Amplified Polymorphic sequence) تکنیکی پرکاربرد در تشخیص تنوع های ژنتیکی بخصوص تغییرات تک نوکلئوتیدی (SNP) در ژنوم به وسیله ی آنزیم های محدودگر می باشد ژنوم انسانی حاوی بیش از سه میلیون SNP است که به طور میانگین، حدود ۱۰۰۰ جفت‌باز از یکدیگر فاصله دارند. نخستین گام در آنالیز PCR-RFLP، تکثیر قطعه حاوی SNP است. پس از این مرحله، قطعات تکثیرشده با آنزیم محدود کننده مناسب تیمار می گردند. از آن‌جایی که وجود یا عدم وجود جایگاه تشخیص آنزیم مورداستفاده، به تولید قطعات با اندازه‌های مختلف منجر می‌شود، شناسایی الل‌ها می‌تواند توسط الکتروفورز عمودی (ژل آکریل آمید) صورت بگیرد.

از جمله معایب PCR-RFLP، نیاز به آنزیم های محدو کننده ی اختصاصی و دشواری تعیین دقیق SNP در یک جایگاه تشخیص خاص است. به علاوه، از آن جایی که PCR-RFLP دارای مراحل متعددی از جمله ژل آکریل آمید است، به نسبت زمان‌بر می‌باشد.، در نتیجه در آنالیز همزمان تعداد فراوانی از SNPها مناسب نیست. این موضوع کاربرد آن را در آنالیزهای high through put محدود کرده است.