بیوانفورماتیک, ویدیو های آموزشی
بانک های اطلاعاتی اختصاصی نظیر miRNA ها و ژنهای هدف آنها، lncRNA و …
microRNA ها که به اختصار miRNA نیز نامیده می شوند، جز گروه RNA های غیرکدکننده یا non-coding RNA ها هستند که ncRNA هم نامیده می شوند. miRNA ها به عنوان تنظیم کننده های بعد از رونویسی بیان ژن در نظر گرفته می شوند که در تمایز سلولی، تکثیر و آپوپتوز نقش دارد. بنابراین تغییر سطح miRNA ها می تواند منجر به بیماری های مختلفی گردد. مکانیسم عمل miRNA ها اینگونه است که در ابتدا از نواحی بین ژنی یا درون ژنی توسط RNA پلی مراز II رونویسی می شوند. در ادامه miRNA های اولیه بوسیله ی آنزیم RNase III که با نام Drosha شناخته می شود به ساختارهای ساقه و لوپ با نام pre-miRNA تبدیل می شوند. این pre-miRNA ها از هسته به سیتوپلاسم توسط اکسپورتین-5 منتقل می شوند و توسط آنزیم RNase III که با نام Dicer شناخته می شود شکسته شده و تولید miRNA دو رشته ای بالغ می نمایند.
جامع ترین پایگاه داده ی miRNA ها، پایگاه داده ی mirbase می باشد که از طریق سایت mirbase.org قابل دسترس می باشد. در آزمایشگاه ژنیران، اهداف ژنی miRNA ها با استفاده از نرم افزارهای تحت وب miRDB، miRBase، miRTar و mirwalk شناسایی و مورد بررسی قرار می گیرند. در اینجا به معرفی تعداد دیگری از منابع miRNA ها می پردازیم.
جهت مشاهده دوره آموزشی (کارآموزی بیوانفورماتیک) اینجا کلیک کنید.
سلام و خدا قوت برای بررسی ژنهای هدف lncRNA ها باید چکار کنیم. ممنونم
بررسی ژنهای هدف lncRNAها (Long Non-Coding RNAs) یک فرایند مهم در تحقیقات ژنتیکی و مولکولی است که می‌تواند به فهم بهتر عملکرد‌های زیستی و تعاملات آنها در سلول کمک کند. lncRNAها می‌توانند در فرایندهای مختلفی مانند تنظیم بیان ژن، ساختار کروماتین و پایداری ژنوم نقش داشته باشند. برای بررسی ژنهای هدف این RNAهای بلند غیرکدکننده، می‌توانید مراحل زیر را دنبال کنید:
1. جمع‌آوری و آماده‌سازی نمونه
ابتدا نمونه‌های مناسبی (بافت یا سلول) از مدل‌های بیماری یا شرایط فیزیولوژیکی مورد نظر جمع‌آوری کنید که در آنها احتمال فعالیت lncRNAها وجود دارد.
2. شناسایی و استخراج lncRNAها
از تکنیک‌هایی مانند RNA-Seq برای شناسایی و کوانتیفای lncRNAها در نمونه‌های خود استفاده کنید. استخراج RNA و سپس کتابخانه‌سازی و توالی‌یابی به شما امکان می‌دهد تا پروفایل کاملی از lncRNAهای بیان‌شده را به دست آورید.
3. تحلیل داده‌های RNA-Seq
با استفاده از نرم‌افزارهای تخصصی بیوانفورماتیک مانند STAR یا TopHat برای مرتب‌سازی داده‌ها و Cufflinks برای تجزیه و تحلیل بیان lncRNAها، داده‌ها را تجزیه و تحلیل کنید.
4. شناسایی ژنهای هدف احتمالی
با استفاده از تحلیل‌های همبستگی بیان و مطالعات کو-اکسپرشن، ژن‌هایی که بیان آنها با lncRNAهای خاص همبستگی دارد را شناسایی کنید. این می‌تواند به شناسایی مسیرهای مولکولی که lncRNAها در آنها نقش دارند کمک کند.
5. تایید عملکردی
برای تایید تأثیر lncRNAها بر ژنهای هدف، از روش‌هایی مانند سرکوب ژن (با استفاده از siRNA یا shRNA) یا بررسی تغییرات بیان ژن پس از اور-اکسپرشن یا ناک‌داون lncRNA استفاده کنید.
6. مطالعات بیشتر
برای درک بهتر نقش‌های بیولوژیکی و مکانیسم‌های عملکردی lncRNAها، مطالعات تعامل پروتئین-RNA و تجزیه و تحلیل‌های محلی‌سازی سلولی lncRNAها را انجام دهید.
این فرآیند می‌تواند پیچیده و زمان‌بر باشد و نیازمند تخصص در بیوانفورماتیک و بیولوژی مولکولی است. همچنین، همکاری با متخصصان در این زمینه‌ها می‌تواند به افزایش دقت و کارآمدی تحقیقات شما کمک کند.
در آزمایشگاه ژنیران، اهداف ژنی miRNA ها با استفاده از نرم افزارهای تحت وب miRDB، miRBase، miRTar و mirwalk شناسایی و مورد بررسی قرار می گیرند
سلام برای اینکه مکانیسم عمل miRNA ها اینگونه است که در ابتدا از نواحی بین ژنی یا درون ژنی توسط RNA پلی مراز II رونویسی می شوند.
ببخشید چرا miRNA ها به عنوان تنظیم کننده های بعد از رونویسی بیان ژن در نظر گرفته می شوند؟