پیش بینی ساختار پروتئین (Modeling Evaluation)

به طور کلی پیش بینی ساختار پروتئین یکی از اهداف مهم در بیولوژی ساختاری محاسباتی می باشد. در سال های اخیر، روش های محاسباتی متنوعی برای ارزیابی و مدلینگ پروتئین ها و برهمکنش آن ها بوجود آمده است. با این حال، پیش بینی ساختار پروتئین از توالی های آمینواسیدی آن همچنان یک موضوع چالش برانگیز بوده که نیازمند رویکردهای جدید برای مدلینگ و ارزیابی ساختارهای پروتئین می باشد.

تمامی پروتئین ها یک backbone مشخصی دارند که با ساختار و عملکرد آنها توسط 20 آمینواسید مختلف در زنجیره تعیین می شود. بنابراین، مدلینگ اینترکشن residue-residue و residue-backbone یک ویژگی مهم در ارزیابی محاسباتی پروتئین ها می باشد. روش های محاسباتی با تکیه بر عملکرد پروتئین ها، اینترکشن بین پروتئین ها را ارزیابی می کنند. در کل، دو تیپ عملکردی وجود دارد: تیپ عملکردی مبتنی بر فیزیک و تیپ عملکردی بر پایه دانش. تیپ عملکردی مبتنی بر فیزیک با تکیه بر اصول اولیه فیزیک، نیروهایی را توصیف می کنند که ساختار و عملکرد پروتئین ها را هدایت می کنند. با این حال، نیروهای فیزیکی که بر روی پروتئین ها اعمال می شوند، با تخمین و ساده سازی پروتئین ها، منجر به قابل محاسبه شدن پروتئین ها می شوند. در آزمایشگاه ژنیران برای modeling evaluation از نرم افزارهای آنلاین PROCHECK، Verify3D، ERRAT و ProSA-web استفاده می شود.

برای مشاهده و ثبت نام دوره کارآموزی بیوانفورماتیک کلیک کنید…