کار با نرم افزار Schrondinger.Meastro و Marvin Sketch

مقدمه‌ای بر کار با نرم افزار Schrondinger.Meastro و نرم افزار Marvin Sketch

نرم افزار MarvinSketch

چه در دانشگاه و چه در صنعت به عنوان یک شیمیدان، ابزارهای ترسیم جز ابزارهای ضروری در مجموعه نرم افزاری محسوب می شوند. از ایجاد ساختارها و واکنش‌ها برای دست‌نوشته‌ها و ارائه‌ها گرفته تا پایگاه‌های اطلاعاتی یا سایر ابزارهای بیوانفورماتیک، شیمیدان‌ها معمولا ترجیح می‌دهند از همان ابزار ترسیمی استفاده کنند.در میان تعداد فزاینده نرم افزارهای موجود در بازار، از نرم افزارهای رایگان گرفته تا نرم افزارهای بسیار گران، نرم افزار Marvin Sketch از ChemAxon خود را به این پنج دلیل متمایز می کند:

۱-نرم افزار MarvinSketch برای تمامی دسکتاپ ها رایگان است.

۲-دارای یک رابط سبک است و تمام عملکردهایی که به طور منظم استفاده می شوند قابل مشاهده هستند.

۳-بسیاری از میانبرهای صفحه کلید برای سرعت بخشیدن به ویرایش، انتخاب، تغییر انواع گروه های اتم یا دسترسی به منوی جدول تناوبی می باشند. می توانید چندین اتم را برای تغییر همزمان به یک نوع اتم انتخاب کنید و میانبرهای سفارشی ایجاد کنید.

۴-توابع استاندارد کننده مولکول در دو بعدی و سه بعدی ساخته شده است.

۵-از هر دو ویژگی پرس و جو MDL و Daylight در یک پرس و جو و ویژگی های جستجوی پیشرفته برای ترسیم پشتیبانی می کند.

نرم افزار Schrondinger.Meastro

پلتفرم شرودینگر روش های مبتنی بر فیزیک پیش بینی را با تکنیک های یادگیری ماشین برای تسریع در کشف دارو یکپارچه می کند. فرآیند تکراری برای تسریع ارزیابی و بهینه سازی مواد شیمیایی قبل از سنتز و سنجش طراحی شده است. امیدوارکننده‌ترین ترکیباتی که از هر پروژه تجربی پدیدار می‌شوند، سپس از طریق چرخه‌های اضافی تحلیل محاسباتی بهینه‌سازی می‌شوند.

شرودینگر مجموعه ای از بسته های مدل سازی مولکولی است که از آخرین پیشرفت های فناوری در شیمی محاسباتی بهره می برد. جگوار، اپلیکیشن مکانیک کوانتومی با کارایی بالا و MacroModel که معتبرترین نام در مدل‌سازی مولکولی است، به‌طور گسترده‌ای برای پرداختن به طیف گسترده‌ای از تحقیقات شیمیایی از مواد تا علوم زیستی استفاده شده‌اند.

Strike یک بسته آماری آگاه از نظر شیمیایی برای بررسی روابط ساختار-ویژگی است. QSite یک برنامه قدرتمند QM/MM برای مطالعه مکانیسم‌های واکنش در سیستم‌های مختلف، مانند سایت‌های فعال پروتئینی است. همچنین، شرودینگر مجموعه کاملی از نرم افزار را ارائه می دهد که به چالش های موجود در تحقیقات دارویی می پردازد.

برای طراحی دارویی مبتنی بر ساختار، Prime یک بسته پیش‌بینی ساختار پروتئین دقیق است. Glide اتصال دقیق و سریع گیرنده لیگاند را انجام می دهد و Liaison تمایل یا affinity اتصال را پیش بینی می کند. شرودینگر همچنین فاز را برای مدل‌سازی فارماکوفور مبتنی بر لیگاند و QikProp را برای پیش‌بینی خواص ADME دارو ارائه می کند.

علاوه بر این، LigPrep یک برنامه تبدیل سریع دو بعدی به سه بعدی است که می تواند کتابخانه های لیگاند را برای تحلیل های محاسباتی بیشتر آماده کند. اخیرا، شرودینگر CombiGlide را برای طراحی کتابخانه متمرکز و Epik را برای شمارش دقیق حالات پروتوناسیون لیگاند در شرایط بیولوژیکی معرفی کرده است. در نهایت، Maestro رابط کاربری گرافیکی برای تمام برنامه های محاسباتی شرودینگر است و یک محیط تجسم و تجزیه و تحلیل مولکولی قدرتمند و کاملا یکپارچه را ارائه می دهد.

محصولات و خدمات شرودینگر

پلتفرم‌های محاسباتی شرودینگر، ترکیبات موجود در in silico را با دقت تجربی بر روی خواصی مانند میل ترکیبی و حلالیت ارزیابی می‌کنند. محصولات این شرکت شامل برنامه‌های مدل‌سازی مولکولی و یک پلت‌فرم بیوانفورماتیک سازمانی به نام LiveDesign است که برای تسهیل ارتباط بین تیم‌های تحقیقاتی بین‌رشته‌ای در نظر گرفته شده است.

علاوه بر پلتفرم‌های محاسباتی، شرودینگر نرم‌افزارهای سفارشی را برای شرکت‌ها و همچنین آموزش، طراحی و پیاده‌سازی خوشه‌های کامپیوتری و پروژه‌های کشف دارو مبتنی بر تحقیق، توسعه می‌دهد. شرکای شرودینگر شامل شرکت های داروسازی، از جمله Bayer و Takeda است.

Nimbus Therapeutics که شرودینگر یکی از بنیانگذاران آن است، از پلت فرم غربالگری و طراحی داروی شرودینگر برای کشف دارو استفاده می کند. در سال ۲۰۱۶، Nimbus Therapeutics یک مهارکننده استیل کوآ کربوکسیلاز (ACC) طراحی شده توسط شرودینگر را در معامله ای به ارزش ۱.۲ میلیارد دلار به Gilead فروخت. از بهار ۲۰۱۹، مهارکننده ACC در حال انجام آزمایشات بالینی در مراحل پایانی در NASH بود.

در نوامبر ۲۰۱۳، شرودینگر، با همکاری Cycle Computing و دانشگاه کالیفرنیای جنوبی، رکورد بزرگترین و سریعترین محاسبات ابری جهان را با استفاده از ۱۵۶۰۰۰ هسته در خدمات وب آمازون برای غربالگری بیش از ۲۰۵۰۰۰ مولکول برای تحقیقات علم مواد به دست آورد. این کار ادامه همکاری سال ۲۰۱۲ بود که Cycle Computing  یک ابررایانه مجازی ۵۰۰۰۰ هسته ای با استفاده از زیرساخت آمازون و شرودینگر ایجاد کرد که در آن زمان برای تجزیه و تحلیل ۲.۱ میلیون ترکیب در ۳ ساعت استفاده می شد.

با شرکت در دوره کارآموزی طراحی دارو ژنیران، دانش خود را درباره کار با نرم افزار Schrondinger.Meastro و Marvin Sketch افزایش دهید:

دوره مهارت آموزی طراحی دارو