مطالب, اخبار علمی
فناوری جدیدی که می‌تواند قدرت توالی‌یابی ژنوم تمام موجودات روی زمین را افزایش دهد…
دستیابی به یک فناوری جدید که می‌تواند قدرت توالی‌یابی ژنوم تمام موجودات روی زمین را افزایش دهد.موسسه Earlham ( EI ) به وسیله مجموعه‌ای دوگانه از پلتفرم‌های پیشرفته به نام Pacific Biosciences Sequel IIe موفق شده‌است توانایی خود را در خواندن دقیق توالی‌های طولانی افزایش دهد، و از این پلتفرم‌ها برای پشتیبانی از پروژه‌های بیوژنوم زمین استفاده می‌کند. این موسسه فناوری‌های دقیقی برای شناسایی تنوع زیستی در ژنوم موجودات به جامعه علوم زیستی بریتانیا ارائه می‌دهد.
هدف پروژه بیوژنوم زمین ( EDP)، توالی‌بندی، فهرست‌نویسی و مشخص‌کردن ژنوم تمامی تنوع زیستی یوکاریوتی روی زمین می‌باشد و در ده سال آینده شتاب بیشتری می‌گیرد، به همین دلیل تلاش‌های جهانی برای ایجاد فناوری و زیرساخت‌های پیشرفته صورت گرفته‌است، تا قادر به ارائه سریع تعداد زیادی از توالی‌های ژنومی با‌کیفیت بالا از گونه‌های مختلف باشند.
با کمک پلتفرم Sequel IIe دانشمندان می‌توانند تجزیه و تحلیل ژنومی را با دقت بالاتری انجام دهند. این پلتفرم، امکان خواندن توالی‌های طولانی با دقت بالا ( HiFi ) را فراهم می‌کند، و دقت تعیین توالی ژنوم‌ها و رونوشت‌ها را افزایش می‌دهد.
دکتر کریم غربی، رئیس بخش ژنومیکس در موسسه Earlham، گفت: به کمک پلتفرم‌های Sequel IIe ما می‌توانیم زیرساخت‌های موجود در توالی‌یابی بیوژنوم را افزایش دهیم. تقاضا از سوی جامعه علوم زیستی بریتانیا برای توالی‌یابی ژنومی با کیفیت بالاتر به سرعت در حال افزایش‌است و درخواست‌ها برای دسترسی به داده‌های توالی HiFi در بالاترین حد ممکن می‌باشد.
پلتفرم های Sequel IIe در موسسه Earlham
بازخورد پذیرندگان اولیه Sequel IIe در سراسر جامعه ژنومیک در مورد ژنوم‌های HiFi بسیار مثبت بوده است، و عملکرد آن از منابع موجود بهتر بوده‌است. این پلتفرم توانایی توالی‌یابی ژنومی را دو برابر خواهدکرد و امکان دسترسی مداوم و مقرون به صرفه به توالی‌های HiFi را برای محققان EI و دانشمندان زیستی بریتانیا فراهم می‌کند.
در چند سال گذشته، مؤسسه Earlham سرمایه‌گذاری‌های استراتژیکی برای فناوری‌های ژنومی انجام داده‌است و شرایطی را برای عصر جدید زیست‌شناسی فراهم کرده‌است که دیگر توالی‌های ژنومی با کیفیت بالا و حاشیه‌نویسی غنی نادر و استثنا نیستند، بلکه عادی و در حال افزایش هستند.
پروفسور Neil Hall، مدیر موسسه Earlham، افزود: ابتکارات پروژه بیوژنوم زمین بسیار مشارکتی است، و فناوری و زیرساختی که قادر به تولید ژنوم‌های با کیفیت بالا است، باید تضمین شود، ظرفیت HiFi در مؤسسه Earlham برای تجزیه و تحلیل ژنوم آغازیان، موقعیت جهانی ما را به عنوان یک رهبر در توالی‌یابی ژنوم تقویت می‌کند.
به وسیله این فناوری‌های توالی‌یابی مؤسسه Earlham در چندین طرح ملی و بین‌المللی به عنوان شریک تحقیقاتی اصلی فعالیت می‌کند، از جمله این طرح‌ها می‌توان به پروژه ژنوم مهره‌داران، پروژه درخت زندگی داروین ( DTOL ) و اطلس ژنوم مرجع اروپایی ( ERGA )، اشاره کرد. هم‌چنین به کمک این فناوری می‌توان داده‌های توالی‌یابی کلیدی ارائه داد و ژنوم طیف گسترده‌ای از ارگانیسم‌ها را تجزیه و تحلیل کرد، این فناوری زیربنای برنامه بلندپروازانه برای فهرست‌بندی تنوع زیستی یوکاریوت‌های تک سلولی ( آغازیان ) می‌باشد.
دکتر غربی افزود: کلید این سرمایه‌گذاری، پذیرش زودهنگام پلتفرم توالی‌یابی طولانی و با کیفیت ( HiFi ) (Pacific Biosciences Sequel II) در سال 2019 بود، قبل از اینکه مؤسسه Earlham به طور دائم این ابزار را با حمایت مالی BBSRC خریداری کند. به وسیله این فناوری، محققان موفق به ارائه توالی‌های ژنومی با کیفیت بالا برای گونه‌های هدف کلیدی شدند و EI تبدیل به یک مرکز پیشرو در تحقیقات بیوژنوم شد.
یادداشت
موسسه Earlham به عنوان بخشی از پروژه DToL با بودجه Wellcome، توسعه ابزارهای جدیدی را برای ساخت ژنوم‌های با کیفیت بالا از یوکاریوت‌های تک سلولی هدایت می‌کند. محور اصلی این فناوری پلتفرم‌هایی برای گونه‌های آغازیان جدا شده از جمعیت‌های محیطی می‌باشد، این برنامه باعث افزایش کارایی و کاهش هزینه‌های آماده سازی کتابخانه ژنومی از سلول‌های منفرد می‌شود.
خلاصه خبر:
موسسه Earlham به وسیله مجموعه‌ای دوگانه از پلتفرم‌های پیشرفته به نام Pacific Biosciences Sequel IIe موفق شده‌است توانایی خود را در خواندن دقیق توالی‌های طولانی ژنوم افزایش دهد، و از این پلتفرم‌ها برای پشتیبانی از پروژه‌های بیوژنوم زمین استفاده می‌کند. هدف پروژه بیوژنوم زمین ( EDP )، توالی‌بندی، فهرست‌نویسی و مشخص‌کردن ژنوم تمامی تنوع زیستی یوکاریوتی روی زمین می‌باشد و در ده سال آینده شتاب بیشتری می‌گیرد، به همین دلیل تلاش‌های جهانی برای ایجاد فناوری و زیرساخت‌های پیشرفته صورت گرفته‌است، تا قادر به ارائه سریع تعداد زیادی از توالی‌های ژنومی با‌کیفیت بالا از گونه‌های مختلف باشند. با کمک پلتفرم Sequel IIe دانشمندان می‌توانند تجزیه و تحلیل ژنومی را با دقت بالاتری انجام دهند. این پلتفرم، امکان خواندن توالی‌های طولانی با دقت بالا ( HiFi ) را فراهم می‌کند، و دقت تعیین توالی ژنوم‌ها و رونوشت‌ها را افزایش می‌دهد.
مترجم:سمانه محمدی راد
