ابزار و وسایل آزمایشگاهی شامل، محلول ها کیت ها, ویکی ژن
چگونه بافر TAE را تهیه کنیم؟
مقدمه‌ای بر بافر TAE یا Tris-acetate-EDTA
بافر TAE به این دلیل نامگذاری شده است که شامل سه ماده تریس باز، اسید استیک و EDTA است. این محلولی است که به طور گسترده به عنوان بافر الکتروفورز به منظور تشکیل ژل آگارز استفاده می‌شود. تریس استات هیدرولیز DNA را مهار می‌کند. در حالی که EDTA، یک شلاتور کاتیونی، از اسیدهای نوکلئیک در برابر تخریب آنزیمی محافظت می‌کند.
نحوه تهیه بافر TAE (تریس استات EDTA)
قدرت یونی و ظرفیت این بافر متوسط است. برای الکتروفورز قطعات بزرگ (بیش از 20 کیلو باز) DNA مناسب است. همچنین باید به طور منظم برای دوره‌های طولانی‌تر (بیش از 4 ساعت) ژل در گردش باشد. با توجه به این موضوع، ممکن است بخواهید چندین دسته از بافرها را ایجاد کنید. با توجه به اینکه ساخت بافر چگونه باشد و روندها با چه سرعتی تکمیل شود، تولید بیش از یک دسته در یک زمان نباید زمانبر و پیچیده باشد.
معرف‌های مورد نیاز برای تهیه بافر TAE
- محلول EDTA (اتیلن دی آمین تترا استیک اسید)
- نمک دی سدیم
- پایه تریس
- اسید استیک یخچالی
تجهیزات مورد نیاز برای تهیه بافر TAE
- pH متر و استانداردهای کالیبراسیون
- فلاسک با ظرفیت 600 تا 1500 میلی لیتر
- استوانه‌های مدرج
- آب دیونیزه
- میله جهت هم زدن
- پلیت
تهیه محلول استوک EDTA
محلول EDTAای که از قبل ساخته شده است. تا زمانی که PH تقریباً به 8.0 کاهش یابد، EDTA به طور کامل در یک محلول حل نمی‌شود.
93.05 گرم نمک دی سدیم EDTA (FW = 372.2) را وزن کنید تا محلولی با 0.5 M (مولاریته یا غلظت) بسازید که حجم آن 500 میلی لیتر خواهد بود.
قبل از استفاده از هیدروکسید سدیم (NaOH) برای اصلاح pH باید در 400 میلی لیتر آب دیونیزه حل شود.
محلول بیشتری اضافه کنید تا حجم کل 500 میلی لیتر شود.
آماده سازی x50 TAE بافر استوک
| ماده شیمیایی | مقدار لازم | مولاریته |
| 0.5M EDTA pH 8.0 | 100 mL | 50 mM millimolar |
| Acetic Acid | 57.1 mL | |
| Tris Base | 242 gm | 2 Molar |
| Milli-Q | Up to 1000 mL |
برای تهیه یک محلول غلیظ (50 برابر) TAE، 242 گرم پایه تریس (FW = 121.14) را وزن کرده و در 750 میلی لیتر آب دیونیزه حل کنید.
با دقت 57.1 میلی لیتر اسید و 100 میلی لیتر EDTA 0.5 مولار (pH 8.0) را مخلوط کنید.
اکنون محلول باید به حجم نهایی 1 لیتر تنظیم شود.
این محلول استوک برای نگهداری در دمای اتاق مناسب است.
PH این بافر تغییر نمی‌کند و باید حدود 8.5 باشد.
تهیه محلول بافر 1x TAE
محلول بافر 1x TAE به سادگی با رقیق کردن محلول استوک به میزان 50 برابر در آب دیونیزه تهیه می‌شود.
غلظت نهایی املاح 40 میلی مولار (میلی مولار) تریس استات است
1 میلی‌مولار EDTA.
بافر اکنون برای استفاده در هدایت ژل آگارز آماده است.
طرز تهیه 1x TAE از 50x TAE استوک
برای محاسبه آن می‌توان از فرمول زیر استفاده کرد:
C1 x V1 = C2 x V2
- که: C1 – غلظت اولیه
- V1 – حجم اولیه
- C2 – غلظت نهایی
- V2- حجم نهایی
به عنوان مثال، برای تولید 1X TAE بافر از 50X TAE استوک چقدر 50X TAE مورد نیاز است؟
C1 x V1 = C2 x V2
یا، 50 x V1 = 1 x 300
یا، V1 = 300 / 50
V1 = 6mL
برای تولید 300 میلی لیتر بافر 1X TAE، از 6 میلی لیتر محلول 50X TAE Stock استفاده کنید و آن را با آب Milli-Q (6 میلی لیتر50X TAE+ 294 میلی لیتر آب) رقیق کنید.
کاربرد بافر TAE
- بافر 1x TAE هم در ژل آگارز و هم به عنوان بافر ورکینگ (Working) استفاده می‌شود.
- بافر TAE برای الکتروفورز ژل آگارز RNA استفاده شده است.
- مطالعه‌ای از تحرک محلول DNA آزاد در TAE در غلظت‌های مختلف بافر در حضور و عدم حضور NaCl اضافه شده، منتشر شده است.
جهت خرید و یا استعلام قیمت با ما تماس بگیرید یا در واتسپ پیام بزارید
همچنین بخوانید:
- بافر TBE چیست؟ نحوه آماده‌سازی بافر TBE
- بافر TE چیست؟
- بافر HEPES
- Loading dye چیست؟
- نحوه بافرسازی و محلول سازی
- اهمیت بافر Tris-EDTA (TE) در استخراج DNA
مترجم: شقایق مرتاضی
سلام وقتتون بخیر
من باید چکار کنم که نمونه ladder ام وقتی runمیش روی ژل، بخوبی باز بش و واضح باش در ترنس ایلومیناتور ؟
برای اطمینان از اینکه نمونه لَدِر (DNA Ladder) شما هنگام اجرا روی ژل الکتروفورز و در زیر ترانس‌ایلومیناتور (Transilluminator) به خوبی دیده شود و واضح باشد، چندین نکته کلیدی وجود دارد که باید مورد توجه قرار دهید:
1. آماده‌سازی ژل
غلظت ژل: اطمینان حاصل کنید که غلظت آگارز ژل مناسب با اندازه فرگمنت‌هایی است که می‌خواهید جدا کنید. به طور معمول، غلظت بالاتر برای فرگمنت‌های کوچکتر و غلظت پایین‌تر برای فرگمنت‌های بزرگتر استفاده می‌شود.
کیفیت آگارز: از آگارز با کیفیت بالا استفاده کنید تا از شفافیت ژل و دقت بارگذاری اطمینان حاصل شود.
2. بارگذاری نمونه
حجم نمونه: مطمئن شوید که حجم مناسبی از DNA Ladder بارگذاری می‌کنید. حجم کمی بیشتر از لَدِر می‌تواند به دید بهتر باندها کمک کند.
رنگدانه بارگذاری: استفاده از رنگدانه بارگذاری مناسب (مانند بروموفنل بلو یا زایلن سیانول) که در ولتاژ کاری شما به خوبی کار می‌کند.
3. اجرای الکتروفورز
ولتاژ مناسب: استفاده از ولتاژ مناسب برای اطمینان از جداسازی دقیق بدون دفرمه شدن باندها.
زمان اجرا: زمان اجرای کافی برای جداسازی مطلوب DNA بدون اینکه باندها از ژل خارج شوند.
4. استفاده از ماده فلورسنت
مواد رنگی مناسب: استفاده از اتیدیوم بروماید (Ethidium Bromide) یا سایر مواد رنگی مشابه برای رنگ‌آمیزی DNA که تحت نور UV درخشان می‌شوند. اطمینان حاصل کنید که محلول رنگ‌آمیزی به خوبی با ژل ترکیب شده است.
5. بهینه‌سازی شرایط نوری
تنظیم ترانس‌ایلومیناتور: تنظیم دقیق شدت نور UV و فیلترهای مورد استفاده برای به دست آوردن بهترین تصویر ممکن از ژل.
6. عیب‌یابی
اگر پس از اجرا باندها مبهم یا نامشخص هستند، ممکن است نیاز به تنظیم مجدد برخی از مراحل بالا باشد. همچنین، بررسی کنید که مواد شیمیایی و کیت‌های مورد استفاده هنوز فعال و غیرمنقضی هستند.
سلام. ببخشین برای اماده کردن ژل اگاروز 1 درصد. باید 100 میل از همین غلظت 50x استفاده کنیم یا بخاطر 50x بودن باید رقیق بشه؟ فرمولش ب چ صورته؟ ممنون میشم راهنمایی بفرمایید
سلام، 1 گرم پودر اگار به 100 میلی لیتر بافر TBE 1X باید اضافه بشه و جوشانده بشه تا پودر حل بشه. بافر اگر 50X هست، برای تبدیل کردن به 1X باید 50 برابر رقیق بشه یعنی 2 میلی لیتر از بافر استوک در 98 میلی لیتر از اب مقطر.
سلام. ببخشین برای اماده کردن ژل اگاروز 1 درصد. باید 100 میل از همین غلظت 50x استفاده کنیم یا بخاطر 50x بودن باید رقیق بشه؟ فرمولش ب چ صورته؟ ممنون میشم راهنمایی بفرمایید
سلام در بعضی پروتکول ها در تهیه بافر TAE .از استیک اسید استفاده نشده ، چرا؟
سلام، احتمالا منظور شما TBE است
سلام وقتتون بخیر
در تهیه بافر تریس اسید استیک کلاسیال از آب مقطر استفاده میکنیم؟
سلام دوست عزیز بله
ببخشید. میشه بجای EdTA ۰.۵مولار از پودر EDTA استفاده کرد
سلام دوست عزیز بله اگر غلظت نهایی را به همان اندازه اپتیموم میرسانید بلا مانع است.
سلام خسته نباشید ببخشید برای بافر TBE 10x ، منظور از 10x چی هستش؟ 10x یعنی 10 مولار؟؟ ممنون میشم راهنمایی کنید.
سلام
یعنی باید 10 برابر غلیظ تر از یک ماده با غلظت (X) در یک میزان محلول.