آشنایی با Vecscreen

آشنایی با Vecscreen :

Vecscreen چیست ؟ Vecscreen ابزاری است که قادر به شناسایی DNA های خارجی مانند وکتور، لینکر، آداپتور و نواحی پرایمری می باشد که به طور کلی در منابع تحت عنوان آلودگی وکتور شناخته می شود.  به طور کلی Vecscreen توسط سایت NCBI توسعه یافته است که برای اطمینان از عدم آلودگی توالی های درج شده در سایت به توالی وکتور، مورد استفاده قرار می گیرد. هم اکنون از طریق وبسایت Vecscreen امکان شناسایی و حذف آلودگی های مرتبط با وکتور قبل پذیرفتن و آنالیز داده ها برای محققین فراهم آمده است. شناسایی زود هنگام قطعات آلوده توالی ها می تواند از نتیجه گیری خطا در مورد اهمیت بیولوژیک توالی مورد نظر جلوگیری نماید. همچنین از هدر رفت زمان برای آنالیز توالی های آلوده جلوگیری نموده و همینطور انتشار توالی در پایگاه های داده را تسریع می نماید.

پایگاه داده ی Univec

Vecscreen یک سیستم جستجوگر تحت عنوان Blastn فراهم آورده است تا از یک پایگاه داده ی غیر تکراری وکتور با نام UniVec بهره مند شود در این بین توالی مورد آنالیز یا Screen تحت عنوان query نامیده می شود. غربالگری در UniVec کارآمد می باشد چرا که توالی های تکراری به منظور ایجاد یک پایگاه داده با یک توالی منحصر به فرد از تعداد زیادی از وکتورها، حذف شده اند. علاوه بر توالی وکتور، Univec شامل توالی های مربوط به آداپتور، لینکر ها و پرایمرهایی که به طور معمول در فرآیند کلونینگ مورد استفاده قرار می گیرند، می باشد. این مورد امکان شناسایی آلودگی به توالی های اولیگونوکلدوتیدی  در حین غربالگری وکتور را فراهم می آورد. حذف توالی های تکراری سایز پایگاه داده ی uniVec را 15 ئرصد کمتر از پایگاه های داده ی معادل  که حاوی کل توالی وکتور ها می باشند، تبدیل نموده است.

گرافیک UniVec

خروجی پایگاه داده ی uniVec ببه صورت یک تصویر گرافیکی از توالی query مورد نظر، خلاصه می شود که با کد رنگی موقعیت های تشابه با توالی وکتور نشان داده شده است. نواحی مشابه انطباق یافت با کد های رنگی به 4 صورت قوی، متوسط، ضعیف و مشکوک نشان داده می شوند.

بخش راهنمای علمی ژنیران