آشنایی با PDB

PDB : مهترین پایگاه داده در علم طراحی دارو سایت PDB است که بسیار مهم و سودمند است در این سایت به استخراج پروتئین هدف خواهیم پرداخت. فرض کنید قراره دارویی طراحی شود بر علیه یک پروتئین عامل بیماری به طوری که این دارو باعث بلوکه شدن این پروتئین شود به همین علت لازم است ابتدا پروتئین هدف در دسترس باشد و به روی آن برسی های لازم اجرا شود. با دلایل گفته شده شناخت و استفاده از پایگاه داده PDB امری غیر قابل اجتناب است.

آماده سازی لیگاند برای نرم افزار Auto dock

مهمترین قسمت در طراحی دارو آماده سازی لیگاند یا همان دارو برای انجام فرایند است دقت کنید هر دارویی نوعی لیگاند محسوب میشود چراکه یا لیگاند شما باعث مهار یک پروتئین . یا باعث فعالیت آن میشود به همین علت لیگاند است اما مراحل آماده سازی لیگاند شامل طراحی لیگاند، اپتیمایز کردن لیگاند، و آماده سازی اولیه جهت ورود به نرم افزار اتوداک است نرم افزاری که عمل داکیگ در آن انجام می شود اتوداک دو نوع است اتوداک معمولی و اتوداک وینا که در این حین اتوداک وینا جدید تر و کار با آن راحت است همین طور نتایج قابل قبول تری نسبت به اتوداک معمولی ارائه می کند و سرعت پردازش بالاتری دارد بنابراین تمرکز اصلی ما روی اتوداک وینا است. اما برای استفاده از اتوداک باید حتما لیگاندی آماده شود و همان طور که گفتیم لیگاند ماده ای است که میتوانئ با یک رسپتور واکنش دهد اما نمیشیه هر لیگاندی که مدل سازی شد برای انجام داکینگ مورد استفاده قرار داد باید یکسری تغیرات اعمال شسود از جمله خنثی سازی بار . میدان نیرو خب این مولکول ها می توانند روی هم تاثیر داشته باشند پس لازم است این تغیرات انجام گیرد و به کمک نرم افزار یکسری مولکول های مثل یون ها و آب اضافه یا کسر گردد

کار بااتوداک وینا : ابتدا لیگاند طراحی شده در Discoverystudio که یک نرم افزار اصلاح مولکولی است باید هیدروژن دار شود چراکه همین هیدروژن های قطبی هستن که واکنش را به سمت چلو پیش خواهند برد سپس وارد اتوداک شده با پسوند pdbqt خارج می شود که به مهنی فایل دارای بار است . بعد از آماده شدن لیگاند اینبار نوبت رسپتور است که وارد اتوداک شود تا هیدروژن های قطبی آن توسط اتوداک گذاشته شود و قبل از اینکه دخیره و سیو شود باید منطقه ای که در آن قرار است عمل داک شدن رخ دهد در رسپتور توسط ایجاد یک Grid box انتخاب شود که ابعاد آن هرپه کوچکتر باشد عمل داک شدن با دقت بالاتری انجام می شود اما این ابعاد مشخص نیست و باید منطقه grid هر بار انتخاب و عمل داک رخ دهد تا در نهابت  متوجه بشیم که بهترین ابعاد grid box چه مختصاتی دارد