پایگاه های داده ی پروتئین

پایگاه داده های پروتئینی

 

آشنایی با پایگاه های داده ی پروتئین

پایگاه های داده ی پروتئین، حاوی اطلاعات مربوط به توالی پروتئین ها می باشد. توالی های پروتئینی موجود در این پایگاه های داده عمدتا از ترجمه ی توالی های نوکلئوتیدی بدست می آیند. در این مبحث به پایگاه های داده ی متعدد پروتئینی اشاره می شود.

اولین تلاش ها برای جمع آوری اطلاعات مربوط به توالی های پروتئینی به حدود سال های 1968 تا 1978 بر می گردد که مارگارت دیهوف به عنوان اولین فردی می باشد که توالی های پروتئینی را در قالب یک پایگاه داده گردآوری نمود.

یکی از پایگاه های داده معروف که امکان دسترسی به توالی های پروتئینی را فراهم می آورد سایت NCBI می باشد که دارای دو بانک Protein و Structure می باشد. جستجو در بانک پروتئین نیز همانند بانک نوکلئوتید می باشد. در ابتدا بانک Protein را از کادر بالای صفحه ی NCBI انتخاب نموده و در کادر روبروی آن اسم پروتئین مورد مطالعه را وارد نموده و روی گزینه ی search کلیک می کنیم.

برای دسترسی به بانک structure، در ابتدا بانک Structure را از کادر بالای صفحه ی NCBI انتخاب نموده و در کادر روبروی آن اسم پروتئین مورد مطالعه را وارد نموده و روی گزینه ی search کلیک می کنیم.

یکی دیگر از پایگاه های داده پروتئینی، پایگاه Swiss prot می باشد. یکی از دلایلی که باعث تمایز خاص سایت Swiss prot با دیگر پایگاه های داده ی پروتئینی می شود، همکاری پایگاه Swiss prot با دیگر پایگاه های پروتئینی می باشد.

برای جستجو در مورد پروتئین مورد نظر، ابتدا وارد سایت Expasy می شویم و با انتخاب گزینه ی All database می توان به جستجوی پروتئین مورد نظر پرداخت. در صفحه ی نتایج باز شده بر روی گزینه ی uniprotKB کلیک می کنیم و از این طریق می توانیم به کل اطلاعات مربوط به پروتئین مورد جستجو دستیابی داشته باشیم.

پایگاه داده ی PDB (protein database) پایگاه داده ای می باشد که اطلاعات مربوط به ساختار سه بعدی ماکرومولکول های زیستی را در اختیار کاربران قرار می دهد. برای ورود به این پایگاه داده می توان از طریق لینک www.rcsb.org اقدام نمود. در صفحه ی نتایج پروتئین مورد جستجو از طریق سربرگ های مختلف می توان به مقاصد گوناگونی دست یافت. برای مثال از طریق سربرگ sequence می توان به توالی اسید آمینه مورد نظر و همچنین ساختار دوم پروتئین پی برد. با استفاده از نرم افزار PDB viewer می توان ساختمان سه بعدی پروتئین را مشاهده نمود. از طریق نرم افزار های Rasmol و VRML  هم می توان ساختمان سه بعدی پروتئین را مشاهده نمود.

آشنایی با پایگاه های داده ی پروتئین
آشنایی با پایگاه های داده ی پروتئین

پایگاه داده ی Uniprot که مخفف The Universal Protein Resource می باشد جامع ترین پایگاه داده ی پروتئینی می باشد که تمام اطلاعات مربوط به توالی و عملکرد پروتئین در این پایگاه داده گردآوری شده است. پایگاه داده ی Uniprot از به اشتراک گذاری داده های پایگاه های TrEMBL، SWissProt و PIR به وجود آمده است. داده های پایگاه داده ی uniprot در پایگاهی با نام UniprotKB ذخیره و نگه داری می شود که مخفف Uniprot knowledgebase می باشد.

جهت مشاهده دوره آموزشی (کارآموزی بیوانفورماتیک) اینجا کلیک کنید.

از این مطلب چقدر راضی بودید؟

روی ستاره کلیک کنید تا نظرتون ثبت بشه

4.3 / 5. تعداد رای دهندگان: 6

تا حالا امتیازی برای این مطلب ثبت نشده؛ با ثبت نظرتون مارو خوشحال می‌کنید

12 دیدگاه برای “پایگاه های داده ی پروتئین

    • Farbod Esfandi گفته:

      چگونگی استفاده از UniProt:
      دسترسی به وب‌سایت: به سادگی با مراجعه به وب‌سایت UniProt در آدرس https://www.uniprot.org/ می‌توانید به این پایگاه داده دسترسی پیدا کنید.

      جستجو در UniProt: می‌توانید برای پروتئین‌ها بر اساس نام پروتئین، توالی، عملکرد، بیماری‌های مرتبط، و موارد دیگر جستجو کنید. جعبه جستجو در صفحه اصلی امکان وارد کردن کلمات کلیدی یا توالی‌های پروتئینی را فراهم می‌کند.

      مشاهده نتایج: پس از انجام جستجو، لیستی از نتایج نمایش داده می‌شود که می‌توانید روی هر مورد برای دیدن جزئیات بیشتر کلیک کنید. این جزئیات ممکن است شامل توالی پروتئین، توضیحات عملکردی، اطلاعات ایزوفرم، اطلاعات پاتولوژی، پیوندهای متقابل به سایر پایگاه‌های داده و بیشتر باشد.

      دانلود داده‌ها: UniProt همچنین امکان دانلود اطلاعات در قالب‌های مختلف فایل را برای استفاده بیشتر و تحلیل داده‌ها فراهم می‌کند.

      استفاده از ابزارهای تحلیلی: UniProt ابزارهای تحلیلی مختلفی را برای بررسی و تجزیه و تحلیل توالی‌های پروتئینی ارائه می‌دهد، مانند مقایسه توالی‌ها، پیش‌بینی ساختار دومین و تحلیل پاتوی‌ها.

      UniProt یک منبع آنلاین است و نیازی به نصب بر روی رایانه شما ندارد. این امکان از هر جایی که به اینترنت دسترسی دارید، قابل استفاده است و ابزاری قدرتمند برای پژوهشگران در زمینه‌های بیوانفورماتیک، بیولوژی مولکولی، و زیست‌شناسی پروتئین است.

  1. منوچهرزاده گفته:

    با استفاده از نرم افزار PDB viewer می توان ساختمان سه بعدی پروتئین را مشاهده نمود.خیلی نرم افزار عالی بود

  2. Admin گفته:

    سلام در صفحه ی نتایج پروتئین مورد جستجو از طریق سربرگ های مختلف می توان به مقاصد گوناگونی دست یافت. برای مثال از طریق سربرگ sequence می توان به توالی اسید آمینه مورد نظر و همچنین ساختار دوم پروتئین پی برد. با استفاده از نرم افزار PDB viewer می توان ساختمان سه بعدی پروتئین را مشاهده نمود. از طریق نرم افزار های Rasmol و VRML هم می توان ساختمان سه بعدی پروتئین را مشاهده نمود.

  3. موسیایی گفته:

    برای شرکت در آزمونها در صورت داشتن مشکل پزشکی امکان برگزاری آزمون مجدد هست؟

    • Admin گفته:

      سلام . اگر منظورتون اینه که برای امتحان های پایان هر دوره مشکل دارید میتونید با ازمایشگاه هماهنگ کنید برای زمانی که امادگی دارید . اما تا نمره شما به حد نصاب نرسه و امتحان ندید مدرک دریافت نمیکنید

  4. جمالی فرد گفته:

    پایگاه داده ی پروتئینی جامع ترین پایگاه داده ی پروتئینی هست و خیلی در دوره کارآموزی کمک کننده بود

  5. پوران گفته:

    اسکفاده از دستگاه رو خیلی خوب اساتید یاد میدن من که تاکید میکنم شرکت کنید

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *