لیست وبسایت ها و نرم افزار های تحت وب مرتبط

معرفی وبسایت های NCBI |ensembl |OMIM و سایر وبسایت های مشهور و پرکاربرد برای دانشجویان و دانش پژوهان ژنتیک ،بیوتکنولوژی ، بیوانفورماتیک و..

لیست وبسایت های مهم ژنتیک ، بیوتکنولوژی ،بیوانفورماتیک و…

ما در اینجا لیستی از وبسایت ها و نرم افزار های آنلاین تحت وب مهم ، مشهور و پرکاربرد مورد نیاز دانشجویان و دانش پژوهشان فعال در عرصه گرایش های زیست شناسی را آماده کردیم که در زیر مشاهده می کنید ، همچین می توانید برای یاد گیرگیری استفاده از این وبسایت ها و نرم افزار در دوره های کارآموزی و یا در کارگاه های آزمایشگاه ژنیران شرکت کنید…

وبسایت های مهم ژنتیک ، کلونینگ ،بیوانفورماتیک وسایر گرایش های زیست شناسی

 

وبسایت های مهم ژنتیک

نرم افزار آنلاین OPTIMIZER به منظور اصلاح codon usage براساس سویه مبدا و میزبان استفاده می گردد.


UniProt مخفف شده Universal Protein Resource یک بانک اطلاعاتی جامع برای توالی های پروتئینی و اطلاعات مربوط به پروتئین ها می باشد. بانک های اطلاعاتی سایت UniProt با عناوین UniProt Knowledgebase (UniProtKB)، the UniProt Reference Clusters (UniRef) و UniProt Archive (UniParc) شناخته می شود.

سایت UniProt با همکاری سه موسسه شامل موسسه بیوانفورماتیک اروپا (EMBL-EBI)، موسسه بیوانفورماتیک سوئیس (SIB) و منبع اطلاعات پروتئینی (PIR) شکل گرفته است. با همکاری سه موسسه بیش از ۱۰۰ نفر با عناوین مسئول پایگاه داده، توسعه نرم افزار و پشتیبانی مشغول به کار هستند.

هرکدام از موسسات مذکور وظایف مختلفی را بر عهده دارد. بدین صورت که EMBL-EBI و SIB باهم به تولید محتوای Swiss-Prot و TrEMBL(کتابخانه و مرکز داده توالی های نوکلئوتیدی ترجمه شده) می پردازند. همچنین موسسه PIR مسئول تهیه بانک اطلاعاتی توالی پروتئین (PIR-PSD) می باشد. مجموع داده های تهیه شده توسط این موسسات که مربوط به توالی های مختلف پروتئینی می باشند، بخش اعظمی زا پوشش می دهند.

TrEMBL با همکاری Swiss-Prot با سرعت بالایی به تولید محتوا می پردازند. مجموعه PIR نیز در همین حال مجموعه بانک اطلاعاتی توالی پروتئین ها را تهیه و نگهداری می کند. در سال ۲۰۰۲ سه موسسه مذکور منابع خو را با هم ادغام کرده و UniProt  را شکل دادند.

 


پروژه Ensembl در سال ۱۹۹۹ چند سال قبل از اینکه پروژه ژنوم انسان به اتمام برسد، آغاز به کار کرد. حتی در مراحل ابتدایی پروژه، کاملا مشخص بود تعداد ۳ میلیارد جفت باز را نمی توان به شکل دستی یادداشت و تفسیر کرده و در اختیار دانشمندان قرار داد، چرا که در این صورت دسترسی آسان و سریع به آن ممکن نخواهد بود. بنابراین هدف سایت و پروژه Ensembl این بود که اطلاعات توالی ژنومی و تفسیر آن ها را به همراه سایر اطلاعات زیستی از قبل یافته شده ادغام کرده، به تکمیل آن بپردازد و همچنین تمامی این اطلاعات را از طریق سایت قابل دسترسی برای عموم قرار دهد. از ماه جولای سال ۲۰۰۰ که استارت ساخت وبسایت Ensembl خورده بود، تا آن زمان مقادیر زیادی اطلاعات ژنتیکی به بانک اطلاعاتی Ensembl اضافه شده بود. همچنین اطلاعاتی شامل ژن های تطبیقی و تنظیمی که از قبل در دسترس بودند، طی پروژه گسترش یافتند.
تعداد افرادی که در پروژه Ensembl شرکت می کردند به طور پیوسته در حال افزایش بود. در حال حاضر گروه Ensembl متشکل از ۴۰ الی ۵۰ نفر می باشد که در گروه های مختلف پروژه جای گرفته اند.
– تیم «Genebuild» برای گونه های مختلف، مجموعه های ژنی تشکیل می دهد. این اطلاعات در هسته پایگاه داده ذخیره شده و توسط تیم انفورماتیک مورد حفاظت قرار می گیرد. این تیم همچنین اطلاعات BioMart را گسترش و و نگهداری می کند.
– تیم های Compara، Variation و Regulation به ترتیب مسئول اطلاعات مقایسه ای، گوناگونی و تنظیمی هستند.
– تیم انفورماتیک آپلود به موقع اطلاعات در سایت را انجام داده و مرتبا اطلاعات را بررسی می کنند و از واضح بودن مطالب و کاربر پسند بودن ظاهر سایت اطمینان حاصل می کنند.
– تیم تولید محتوا مسئول همگام سازی منظم به روز رسانی اطلاعات Ensembl می باشد.
– در نهایت تیم Outreach به سوال کاربران پاسخ داده و در زمینه کاربرد های Ensembl کارگاه های جهانی برگزار می کند.
توالی و اسمبلی ها
توالی های DNA و … که در ساخت ژن Ensembl مورد استفاده قرار می گیرند، توسط پروژه های مختلفی در سراسر جهان تهیه شده اند. جهت بهبود سازی ارتباط بین اطلاعات ارائه شده توسط سایت های ژنومیک مختلف، سایت Ensembl وارد یک توافق نامه با سایت های UCSC و NCBI شده است.

مرکز ATCC یکی از اولین سازمان های جهانی منابع و بانک زیست شناسی که با مأموریت دستیابی، تأیید اعتبار، تولید، نگهداری، توسعه و توزیع مراجع استاندارد میکروارگانیسم ها، رده های سلولی و سایر مواد مرتبط راه اندازی شده است. در حالی که مرجع ATCC به جمع آوری و حفظ مواد و سلول ها با روش های سنتی می پردازد، در جهت پشتیبانی از تحقیقات علمی، خدمات و محصولاتی با کیفیت بالا ارائه می کند.
زمانی که در سال ۱۹۲۵ جامعه کوچکی از دانشمندان احساس نیاز به وجود یک بانک مرجع برای میکروارگانیسم ها کردند و متوجه شدند که می توان با ایجاد یک بانک خدماتی نیز در سراسر جهان ارائه کرد؛ مرکز ATCC را راه اندازی کردند. این مرکز اوایل در انستیتوی McCormick شیکاگو بوده که در سال ۱۹۳۷ به دانشگاه Georgetown واشنگتن منتقل شد. هم اکنون این مرکز در ایالت ویرجینیا در نزدیکی انستیتو ملی سلامت آمریکا مستقر شده است.
این مرکز تمام رده های سلولی استاندارد را ذخیره کرده و اطلاعات مربوط به هریک را رایگان در اختیار دانشمندان و محققان سراسر جهان قرار داده است. برای کسب اطلاعات از هر رده سلولی استاندارد باید به آدرس https://www.atcc.org/ مراجعه کرده و نام رده سلولی موردنظر را در بخش جست و جوی سایت وارد کرد. پس از کلیک بر روی نام رده سلولی مورد نظر در بخش نتایج، صفحه‌ای باز می شود که اطلاعات کامل آن نوشته شده است. برای داشتن اطلاعات منسجم می توانید به تب Documentation مراجعه کرده و Data Sheet مخصوص آن را دانلود کرد. در بخش General Information اطلاعات کلی مربوط به رده سلولی مانند نام ارگانیسمی که رده سلولی از آن تهیه شده، بافت، مورفولوژی سلول، سطح ایمنی، بیماری مربوطه، سن، جنسیت و ملیت فرد دهنده نوشته شده است. باید توجه داشت که این مرکز به عنوان یک بانک سلولی معتبر، انواع رده های مختلف را در شرایط مختلف (فریز یا در فلاسک) به فروش می رساند و برخی اطلاعات نوشته شده مربوط به شرایط فروش آن می باشد. در تب Characteristics اطلاعات کاربردی در رابطه با کاریوتایپ سلول، عکس میکروسکوپی، نحوه استخراج و بیان آنتی ژنی ارائه می شود. یکی از تب های خیلی مهم تب Culture Method می باشد که در رابطه با محیط کشت کامل توضیحاتی ارائه می شود. باید توجه داشت که برخی اوقات مرکز ATCC از نام محیط کشت هایی که محصولات خود مرکز است را ذکر می کند. در صورتی که محیط کشت مورد نیاز ناآشنا بود می توان با مراجعه به مقالاتی که از رده سلولی مورد نظر استفاده کرده‌اند، محیط کشت های مشابه را یافت. همچنین در این تب شرایط کشت رده سلول، پاساژ و فریز آن توضیح داده شده است که اطلاعات بسیار مفیدی برای کار با رده های سلولی می باشد.


معرفی کلی

درک زبان ظریف اما بی صدای طبیعت سلول های زنده، تلاش زیست شناسی مولکولی مدرن است. از الفبای تنها چهار حروف که نشان دهنده زیرمجموعه های شیمیایی DNA که به نحوی فرآیندهای زندگی را نشان می دهد تا بیان پیچیده ترین آنها که انسان است. انهدام و استفاده از این «حروف الفبا» برای ایجاد کلمات و عبارات جدید، تمرکز مرکزی در زمینه زیست شناسی مولکولی است. حجم چشمگیر داده های مولکولی و الگوهای مرموز و ظریف آن، نیاز مطلق به پایگاه داده های کامپیوتری و ابزارهای تجزیه و تحلیل منجر شده است. چالش این است که یافتن رویکردهای جدید برای مقابله با حجم و پیچیدگی داده ها به منظوردسترسی بهتر محققان به ابزارهای تجزیه و تحلیل و محاسبات برای پیشبرد درک میراث ژنتیکی و نقش آن در سلامت و بیماری چالش امروزه می باشد.

تاسیس NCBI

سناتور کلود پپر، اهمیت روش های پردازش اطلاعات کامپیوتری را برای انجام تحقیقات زیست پزشکی و قوانین حمایتی که مرکز اطلاعات بیوتکنولوژی ملی (NCBI) که در تاریخ ۴ نوامبر ۱۹۸۸ ایجاد شد، به عنوان زیر مجموعه کتابخانه ملی پزشکی (NLM ) در موسسه ملی بهداشت دریافت (NLM).  به خاطر تجربه اش در ایجاد و نگهداری پایگاه های داده های زیست پزشکی به عنوان بخشی از NIH، که می توانست یک برنامه تحقیقاتی درون محدوده ای در زیست شناسی مولکولی محاسباتی ایجاد کند،انتخاب شد. مولفه های جمعی پژوهش NIH ان را به بزرگترین مرکز تحقیقاتی زیست پزشکی اسان در جهان تبدیل کرده است.

تحقیقات پایه ای

به عنوان یک منبع ملی برای اطلاعات مربوط به زیست شناسی مولکولی، ماموریت NCBI توسعه تکنولوژی های اطلاعاتی جدید برای کمک به درک فرایندهای مولکولی و ژنتیک و کنترل سلامت و بیماری می باشد. به طور خاص، NCBI متهم به ایجاد سیستم های خودکار برای ذخیره سازی و تجزیه و تحلیل دانش در مورد زیست شناسی مولکولی، بیوشیمی و ژنتیک است؛ تسهیل استفاده از چنین پایگاه های داده و نرم افزار توسط پژوهش و جامعه پزشکی؛ هماهنگی تلاش برای جمع آوری اطلاعات بیوتکنولوژی در سطح ملی و بین المللی؛ و انجام تحقیقات در روش های پیشرفته پردازش اطلاعات کامپیوتری برای تجزیه و تحلیل ساختار و عملکرد مولکول های مهم بیولوژیکی است.


Clustal Omega

سایت Clustal Omega یک ابزار برای همترازی چند ترادف ژنی و یا پروتئینی می باشد که توانایی همترازی ترادف های بیشتر از ۳ ژن و پروتئین را داشته و محاسبات دقیق و کارآمدی به کاربر می دهد.

 اطلاعات مهم:

  • این سایت برای همترازی دو ژن مناسب نمی باشد. برای همترازی دو ترادف ژنی می توان از بخش های مخصوص آن با عنوان «pairwise alignment tools» استفاده کرد.
  • الگوریتم های سیستم MSA برای نقشه های ژنومی دبرنامه ریزی نشده است.
  • در حال حاضر چیزی حدود ۴ هزار ترادف و یا داده هایی با حداکثر حجم ۴ مگابایت قابل برای وارد کردن به برنامه وجود دارد.
  • این سایت نهایت ۳۰ پروژه را همزمان پردازش کرده و ابتدا پروژه های قبلی باید تمام شوند تا اجازه پروژه جدید بدهد. این سایت به کاربران با ایمیل معتبر اجازه کار می دهد. همچنین پروژه ها باید در چارچوب قوانین مرکز EMBL-EBI باشد.

توضیحاتی از سایت Clustal Omega

همانظور که گفته شد سایت Clustal Omega یک ابزار برای همترازی چند ترادف ژنی و پروتئینی می باشد که با استفاده از تکنیک های HMM همترازی بین توالی های بیشتر از ۳ ژن و پروتئین را به دست می آورد. این سایت می تواند هر تعدادی از ترادف های پروتئینی را با هم همتراز کرده و نتایج دقیق را با سرعت بالا ارائه دهد. دقت این سایت در انواع پروژه های بزرگ و کوچک بالا می باشد. همچنین سایت Clustal Omega داده ها و پروژه های بزرگ را نسبت به سایت های دیگر، با سرعت و کیفیت بیشتری انجام می دهد. همچنین این سایت ویژگی های قدرتمندی مثل اضافه کردن توالی به توالی موجود، بررسی اطلاعات توالی اضافه شده و همچنین یک بانک اطلاعاتی شامل داده های زیادی که از پیش آماده کار شده اند، می باشد.

ورودی سایت

  • توالی ها می توانند بر اساس نمونه فرمت های نوشته شده در جدول زیر وارد سایت بشوند. داده هایی با فرمت های ناقص را سایت قبل نمی کند. اضافه کردن Enterبه آخر توالی ها همیشه می تواند به ابزار مربوطه در درک درست توالی کمک کنند. قابل توجه است که استفاده مستقیم از داده های سایت هایی که با نرم افزار های مبتدی نوشته شده اند، می تواند نتایج غیر قابل پیش بینی مثل مخفی کردن بخشی از داده، بوجود بیاورد.همانطور که گفته شد در حال حاضر چیزی حدود ۴ هزار ترادف و یا داده هایی با حداکثر حجم ۴ مگابایت قابل برای وارد کردن به ابزار سایت Clustal Omega وجود دارد.
Format
۱ GCG
۲ FASTA
۳ EMBL (abridged version)
۴ GenBank (abridged version)
۵ PIR / NBRF
۶ PHYLIP
۷ UniProtKB/Swiss-Prot (abridged version)

سایت EMBL-EBI:

EMBL-EBI اطلاعات عمومی زیست شناسی جهان را به رایگان در اختیار دانشمندان قرار داده و محدوده ای شامل آموزش حرفه ای بیوانفورماتیک، انجام تحقیقات پایه ای و اشتراک گذاری سرویس ها و ابزار های مرتبط فعالیت می کند.

سایت EBI عضو آزمایشگاه زیست شناسی مولکولی اروپا بوده (واژه EMBL اختصار European Molecular Biology Laboratory می باشد) و یک مرکز تحقیقاتی بین المللی  و بین رشته ایست که توسط ۲۳ کشور عضو و دو کشور وابسته پایه گذاری شده است.

این مرکز در Wellcome Genome Campus هینکستون دانشگاه کمبریج انگلستان واقع شده است. محلی که بیشترین تعداد دانشمندان و تکنسین های در حوزه ژنومیک در خود جای داده است.

مرکز EBI بانک اطلاعاتی و سرویس های بیوانفورماتیک خود را برای جامعه دانشمندان به شکل رایگان ارائه می دهد.

طیف گسترده ای از منابع اطلاعات مولکولی موجود در جهان، در این مرکز نگهداری می شود. اطلاعات و ابزار این مرکز که توسط همکاران آن در سراسر جهان تکمیل شده است، به دانشمندان کمک می کند اطلاعات خود را به درستی به اشتراک گذاشته و نتایج را با روش های مختلفی آنالیز کنند.

مرکز EBI از میلیون ها دانشمندانی که در سراسر جهان در آزمایشگاه های زیست شناسی و بیوانفورماتیک در زمینه های مختلف علوم طبیعی که از پزشکی گرفته تا تنوع زیستی و تحقیقات کشاورزی کار کرده و مشغول هستند، حمایت کرده و نیاز های آن ها را پوشش می دهد.

مرکز EBI حامی محققان در پروژه های زیست شناسی تحقیق محور می باشد .

محیط آزمایشگاهی منحصر به فرد و طیف گسترده ای از تحقیقات در تکمیل بانک اطلاعاتی مرکز EBI کمک شایانی کرده است. در عصر ژنومیک تحقیقات این مرکز در حیطه بررسی پزشکی و محیط زیست می باشد.

این مرکز فرصت های زیادی را برای دانشجویان پست دکتری بوجود آورده و به آموزش نسل بعدی زیست شناسان بر اساس برنامه درسی دکتری EMBL می پردازد.

مرکز EBI دوره های بیوانفورماتیک پیشرفته برای دانشمندان در هر سطحی برگزار می کند.

این مرکز آموزش دوره های بیوانفورماتیک را جهت کمک به زیست شناسان برای بهره برداری حداکثری از بانک اطلاعاتی این مرکز را برگزار می کند. مرکز EBI دوره های کارآموزی خود را در موسسات دیگر سراسر جهان برگزار می کند. همچنین خدمات بیوانفورماتیکی توسط این مرکز برای علاقه مندان به شکل آنلاین نیز ارائه می گردد.

مرکز EBI به پیسرفت تکنولوژی و صنعت کمک می کند

برنامه های صنعتی این مرکز ماحصل ارتباط بین «EMBL-EBI» و «بخش تحقیق و توسعه در صنعت» می باشد. اعضای فعال این مرکز که شامل بخش های داروسازی و کشاورزی می باشند، با کمک بخش بیوانفورماتیک EBI در زمینه صنعت فعالیت می کنند. همچنین مرکز EBI با شرکت ها کوچک صنعتی مرتبط در پروژه های مشترک سرمایه گذاری می کند.


IDT (oligo analyser):جهت بررسی توالی های اسید نوکلئیکی از نظر وجود hairpin, heterodimer, homodimer


کمیته نام گذاری ژن های انسانی به منظور یکسان سازی نام ژن ها در تمام database ها


همانطور که توالی ژنی مهره داران رو به تکمیل بوده و تحقیقات به سمت آنالیز آن ها می رود، نمایش دادن توالی ها به شکل ملموس بسیار حیاتی می باشد، چرا که نمی توان ۳ میلیارد ژن را نمی توان پشت سر هم در یک صفحه نمایش داد! بعنوان یک جایگزین، سایت UCSC Genome Browser یک از هر بخشی از ژن که مورد نظر کاربر است را در هر مقیاسی که باشد به شکل سریع و مفهوم همراه با ۱۰ ها اطلاعات های جانبی مربوط به ژن نمایش می دهد. این اطلاعات می تواند شامل: ژن های شناخته شده، ژن های پیش بینی شده، EST ها، mRNA ها، جزایر CpG، باند های کروموزومی، همولوگ های موشی آن و … باشد. نیمی از اطلاعات جانبی که توسط UCSC آماده شده و به نمایش گذاشته می شوند، از توالی های موجود با دسترسی عمومی به دست آمده اند. اطلاعات باقی مانده توسط محققان سراسر جهان حاصل گردیده اند. همچنین کاربران می توانند اطلاعات ژنی مورد نظر خود را وارد مرورگر سایت کرده و اهدافی مانند آموزشی و یا تحقیقاتی را دنبال کنند.

مرورگر ژنوم سایت UCSC اطلاعات جانبی را در زیر موقعیتش در ژنوم ارائه می دهد که اینکار موجب درک سریع تر تفاوت اطلاعات مختلف می شود. کاربر می تواند کل یک کروموزوم  را یک جا بررسی کرده تا متوجه تراکم ژنی در کروموزوم شود. همچنین بر روی کروموزوم یک باند مشخص شده را که نشان دهنده یک سیتوژنتیک خاص می باشد باز کند و موقیعت آن را در نقشه ژنی مشاهده کند. کاربر همچنین می تواند روی بخشی از ژن زوم کرده و EST پردازش شده و احتمال پردازش Alternative را مشاهده کند. Genome Browser نتیجه گیری به کاربر نمی دهد ادر عوض تمام اطلاعات مربوط به ژن را یکجا ارائه کرده و امکان تفسیر و شناسایی را برای کاربر آسان تر می کند.

سایت UCSC Genome Browser از اطلاعات توالی ژنومی که به شکل متنی است پشتیبانی کرده و به جست و جوی آن در کل اطلاعات ژنومی می پردازد. همچنین نتایج را سریعا با دقت بسیار بالا ارائه می دهد. با کلیک بر روی هر آیتم این سایت اطلاعات کامل آن را نشان می دهد که شامل یک خلاصه از ویژگی های آن آیتم و همچنین سایت هایی که منبع آن می باشد. سایت هایی مثل: pubMed، GenBank، Entrez و Omim


Gene Cards: بانک اطلاعاتی ژنوم انسان


هدف این سایت کشف و شناسایی تغییرات ژنومی از جمله توزیع جمعیت و ارتباط های فنوتیپی می باشد.  این سایت به جمع آوری اطلاعات می پردازد و اطلاعات تغییرات ژنتیکی و تغییرات کلینیکی به هم مرتبط را به رایگان در اختیار دیگران قرار می دهد.

برای افزایش سلامتی انسان با شناسایی و تشخیص تغییرات ژنومی می توان موجب آمادگی در مقابل بیماری ها شد. برای این منظور جهت جمع آوری اطلاعات ژنتیکی لازم و تشخیص مولکولی، سایت HGVS در رابطه با پایه مکانیسم و طراحی دارو های مرتبط با بیماری های انسانی تحقیق می کند. این سایت همچنین صاحب نشریه ای با عنوان Human Mutation می باشد. این سایت به شکل کلی سالانه دو جلسه بزرگ علمی با عنوان «American or European Societies of Human Genetics» برگزار می کند. مقالات اعضای سایت HGVS در زمینه تنوع ژنتیکی انسان در پایگاه داده های جهش منتظر شده است. این سایت مجموعه قابل توجهی از لینک های سایت های پایگاه داده جهش را در خود جای داده و همچنین برای تغییرات در DNA، RNA و توالی های پروتئینی، مانند جهش، پلی مورفیسم و یا به طور کلی واریانت ها، برای جلوگیری از سردرگمی، با زبان خاص و مشترک نام هایی را برای کاربر توصیف می کند.

پیشنهاد هایی را برای نام گذاری تنوع ها و محتوای پایگاه داده های جهش ارائه می کند.


MIRbase:تمامی اطلاعات در رابطه با microRNA ها


سایت LncRNAdb یک پایگاه داده با اطلاعات جامع در زمینه Lng non-coding RNA ها می باشد. اطلاعات در رابطه با lncRNA ها اولین بار در سال ۲۰۱۱ در این سایت درج شده است. سایت lncRNAdb در نگهداری اطلاعات خود بسیار کوشا بوده و اخیرا در ماه می سال ۲۰۱۴ عضو RNACentral شده است. در حال حاضر مرکز سایت LncRNAdb در استرالیا، موسسه تحقیقات پزشکی گارون، مرکز سرطان Kinghorn مستقر شده است و سرپرست آن Prof. Marcel Dinger میباشد.

این مرکز نسبت به نظر کاربران خود در رابطه با کارکرد سایت اهمیت ویژه ای قائل است و همچنین جهت بروزرسانی مطالب سایت از مخاطبان خود دعوت به همکاری کرده است. اطلاعاتی در رابطه با lncRNA ها که توسط سایت lncRNAdb ارائه می شوند، شامل آن دسته از lncRNA ها هستند که ثابت شده است در فرآیند های زیستی نقش دارند. همچنین اطلاعات سایت شامل mRNA هایی که نقش تنظیمی دارند و lncRNA هایی که عملکردشان هنوز کامل شناخته نشده است، می باشد.

همه ی اطلاعات سایت به شکل دستی وارد شده و شامل منابع RNA نیز می باشد. منظور از منابع RNA مطالبی مثل توالی، اطلاعات ساختاری، محتوای ژنومیک، بیان، محلش در سلول، حفاظت، شواهدی از عملکرد و … می باشد. بیشتر lncRNA های فهرست شده (تقریبا ۷۵ درصد) متعلق به پستانداران می باشد که شامل lncRNA هایی است که خیلی رونویسی و تولید شده و بیشتر از همه توسط دانشمندان مورد مطالعه قرار گرفته است. بقیه اطلاعات شامل lncRNA هایی از مهره داران گرفته تا تک سلولی های یوکاریوتی می باشد.

علاوه بر همه این ها، سایت lncRNAdb به سایت هایی مثل UCSC Genome Browser جهت تجسم هرچه بهتر ژن وIllumina Body Atlas data جهت بررسی بیان، لینک شده است.


IMGT:بانک اطلاعاتی مربوط به توالی های مرتبط با سیستم ایمنی


PDB entry:بانک اطلاعاتی ساختار سه بعدی پروتئین ها


سایت PIR

سایت PIR یک منبع اطلاعات پروتئینی (Protein Information Resource) می باشد که با تشکیل یک منبع بیوانفورماتیکی با دسترسی عمومی حامی تحقیقات زیست شناسی در زمینه ژنومیکس و پروتئومیکس می باشد.

سایت PIR در سال ۱۹۸۴ توسط بنیاد تحقیقات ملی زیست و پزشکی (NBRF) به عنوان یک منبع اطلاعاتی از توالی های پروتئینی در جهت کمک به محققان می باشد. قبل از آن مجموعه NBRF اولین مجموعه مقایسه ای از توالی ماکرومولکول ها در نشریه «اطلس توالی و ساختار پروتئین» بوده است که از سال ۱۹۶۵ تا ۱۹۷۸ زیر نظر دکتر Margaret O. Dayhoff منتشر می شد. دکتر دایهوف و گروه پژوهشی زیر نظرش در زمینه روش های مقایسه ای توالی پروتئین به وسیله کامپیوتر پیشقدم بودند. این مقایسه ها در رابطه با شناسایی Sequence ها و Duplicate های مرتبط با هم در خلال توالی ها و همچنین در زمینه استنتاج تاریخچه تکاملی همترازی توالی های پروتئینی انجام می گرفت. بیش از ۴ دهه پس از شروع ارائه اطلاعات توسط اطلس توالی و ساختار پروتئین ها، سایت PIR پایگاه داده و ابزار آنالیز از جمله پایگاه داده توالی پروتئین (PSD) را برای دانشمندان با دسترسی رایگان به وجود آورده است.

در سال ۲۰۰۲ سایت PIR با همکاران بین المللی خود، EBI (مؤسسه بیوانفورماتیک اروپا) و SIB (مؤسسه بیوانفورماتیک سوییس)، از طرف NIH کمک هزینه ای را دریافت کردند تا یک پایگاه داده مستقل از توالی و عملکرد پروتئین ها را با نام UniProt و با اتحاد پایگاه داده های PIR-PSD، Swiss-Prot و TrEMBL راه اندازی کنند.

امروزه کارکنان سایت PIR در UD و GUMC مشغول به کار بوده و سایت PIR اطلاعات عمده و برجسته ای را در زمینه پروتئومیکس و ژنومیکس ارائه می کند.


سایت MutationDiscovery یک منبع معتبر برای کسانی که در زمینه تغییرات ژنتیکی کار می کنند، می باشد. محتوای سایت شامل اطلاعات هزاران ژن بوده و اطلاعات مربوط به هر ژن مورد نظر را با تغییرات شناخته شده آن به همراه توالی ژنومی نشان می دهد. داده های مربوط به توالی ژنومی از پروژه Genome Annotation سایت NCBI برداشته شده است. همچنین داده های مربوط به تنوع و تغییرات ژنی از منابع مختلفی گرفته شده است. در حال حاضر سایت MutationDiscovery اطلاعات مربوط به انسان و موش را شامل می شود. اطلاعات مربوط به سایر موجودات زنده نیز در آینده نزدیک به سایت اضافه می شود.

سایت MutationDiscovery همچنین پروتوکل های مربوط به PCR و DHPLC را در خود جای داده تا به محققان کمک کند تا نتایج تغییرات ژنی خود را با نتایج از قبل گزارش شده در سایت تطبیق داده و تایید کنند. صفحه اصلی نمایش سایت با تکنولوژی Scalable Vector Graphics (SVG) ساخته شده است، لذا کسانی که می خواهند از این سایت استفاده کنند باید از قبل آن را بر روی سیستم خود نصب کنند.


Vecscreen:غربالگری آلودگی وکتوری به وسیله همردیف سازی


MEGAX:برای آنالیز فیلوژنتیک


NEBcutter:نشان دهنده سایت های برش انزیم محدودکننده بر روی توالی مورد نظر


Polyphen:با دادن تغییر اسید امینه ای خاص وضعیت نهایی پروتئین را پیش بینی می کند.


Mutationtaster:پیش بینی وضعیت بعد از تغییر نوکلئوتیدی


سایت OMIM

سایت OMIM مخفف (Online Mendelian Inheritance in Man) به معنای بررسی آنلاین وراثت مندلی در انسان می باشد. OMIM مجموعه ای کامل و معتبر از ژن های انسانی و فنوتیپ های ژنتیکی می باشد که به شکل روزانه به روز رسانی شده و در اختیار عموم قرار گرفته است. تمامی اطلاعات سایت OMIM شامل اطلاعات جامعی از تمامی اختلالات شناخته شده مندلی و بیش از ۱۵ هزار ژن می باشد. تمرکز سایت OMIM بیشتر بر روی روابط بین فنوتیپ و ژنوتیپ می باشد. همانطور که گفته شد این اطلاعات به شکل روزانه آپدیت شده و اطلاعاتش به منابع ژنتیکی زیادی لینک شده است.

این پایگاه داده کار خود را در اوایل سال ۱۹۶۰ توسط Dr. Victor A. McKusick به شکل یک کاتالوگ از ویژگی ها و اختلالات مندلی شروع کرد که عنوان MIM (Mendelian Inheritance in Man) به معنای وراثت مندلی در انسان به خود گرفت. از سال ۱۹۶۶ تا ۱۹۹۸ تعداد ۱۲ نسخه از کتاب های MIM منتشر شد. همچنین ورژن آنلاین OMIM در سال ۱۹۸۵ با همکاری بین کتابخانه ملی پزشکی (Mendelian Inheritance in Man) و کتابخانه پزشکی William H. Welch در محل Johns Hopkins پایه گذاری شد. پایگاه داده OMIM به طور کلی از سال ۱۹۸۷ در اینترنت قابل دسترس بود. در سال ۱۹۹۵ سایت OMIM توسط NCBI، مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی، در شبکه جهانی اینترنت توسعه یافت.


منبعی جامع از تمام پرایمرهای PCR


اطلاعات در رابطه با mirRNAها و ژن های هدف انها


بانک اطلاعاتی کاربردی در رابطه با promotorها و terminator ها


دارای الگوریتم های طراحی پرایمر برای توالی های DNAو توالی های تغییر یافته با بی سولفیت و همچنین Blast پرایمرهای طراحی شده برای اهداف اپی ژنتیک


آزمایشگاه ژنتیک پزشکی دکتر زینعلی


علاوه بر وبسایت های بالا شما می توانید لیست کاملی از وبسایت ها و نرم افزار های مهم بیوانفورماتیک را در زیر مشاهده کنید:

http://homepages.uc.edu/~jeggaa/BioInfoRes.html

این لیست وبسایت های مهم ژنتیک ، بیوانفورماتیک ، بیوتکنولوژی و … به روز رسانی می شود …