آنالیز توالیها

آزمایشگاه ژنیران با هدف خدمت به محققین و دانشجویان و همچنین کمک به سایر مراکز آماده ارائه خدمات در زمینه آنالیز توالیها و مطالعات فیلوژنتیک می باشد. آنالیز توالیها و مطالعات فیلوژنتیک با قیمت دانشجویی و بیشترین دقت و کمترین زمان خواهد بود. آزمایشگاه ژنیران در زمینه آنالیز های مختلف مولکولی از جمله یافتن ORF ها، آنالیز سایت های برش آنزیمی، یافتن توالی های CPG، یافتن مارکرهای تکراری در ژنوم (Repeats)، بررسی مارکرهای مختلف مولکولی، مطالعات multiple alignment در سطح اسیدهای نوکلئیک و پروتئین ها، آنالیز فیلوژنتیک، مطالعات epitope mapping، پیدا کردن اهداف ژنی miRNA ها و … با بهره گیری از تیم مجرب و با سابقه در کوتاه ترین زمان با بیشترین دقت آماده خدمت رسانی می باشد.

🔴 نحوه محاسبه قیمت:

برای اطلاع از نحوه قیمت گذاری با آزمایشگاه ژنیران تماس حاصل فرمایید*

خدمات جانبی:

• خدمات کشت سلول های جانوری
• خدمات حیوانات آزمایشگاهی
• خدمات ژنتیک مولکولی
• خدمات میکروبیولوژی

در رابطه با جزئیات آنالیز توالیها و مطالعات فیلوژنتیک بیشتر بدانیم:

یافتن ORF ها:

مفهوم یافتن ORF یا چارچوب خوانش باز یا Open reading frame (ORF)، بخش قابل ترجمه به پروتئین می باشد. به عبارتی شامل کدون هایی است که بین کدون آغاز (AUG) و کدون های پایان (UGA، UAG و UAA) قرار دارد. مهم ترین کاربرد چارچوب خوانش باز، پیش بینی ژن است که به منظور شناسایی نواحی کد کننده ی RNA فعال و پروتئین مورد استفاده قرار می گیرد. از جمله نرم افزارهای کاربردی برای تعیین چارچوب خوانش یا یافتنORF می توان به نرم افزار Translate از سایت Expasy و همچنین نرم افزار ORF finder از سایت NCBI اشاره نمود.

یافتن نواحی CPG

نواحی از ژنوم موجودات هستند که غنی از GC می باشند که اصطلاحا به جزایر CpG معروف هستند که حرف P اشاره به پیوند فسفو دی استر بین بازهای سیتوزین و گوانین دارد. یکی از کاربردهای جزایر CpG در پیش بینی پروموتر در یوکاریوت ها می باشد. با تشخیص درست نواحی CpG می توان در بالادست این نواحی اقدام به شناسایی و پیش بینی پروموتر نمود. در اینجا به چندین ابزار شناسایی پروموتر یا نواحی CpG اشاره می کنیم. برنامه ی تحت وب CpGProD یکی از ابزار های یافتن نواحی CpG در توالی ژنوم می باشد. از دیگر برنامه های پیش بینی یا یافتن  نواحی CpG، می توان به Eponine، Cluster-Buster و McPromoter اشاره کرد.

مطالعات multiple alignment در سطح اسیدهای نوکلئیک و پروتئین ها

بررسی توالی های اسید نوکلئیکی و یا پروتئینی در مبحث تکامل حائز اهمیت می باشد. برای مثال با مقایسه توالی های متعدد اسید نوکلئیکی یا پروتئینی یا Multiple alignment به جد یا نیای مشترک گونه های مورد بررسی دست یافت. از دیگر کاربردهای Multiple alignment می توان به پیشگویی ساختار و عملکرد توالی های ناشناخته اشاره نمود. انواع هم ردیفی را می توان براساس هم ردیفی از نظر تعداد توالی و هم ردیفی از نظر طول توالی تقسیم بندی کرد. که از نظر تعداد توالی به دو گروه هم ردیفی دوگانه (Pairwise Alignment) و هم ردیفی چندگانه (Multiple Alignment) تقسیم بندی می شود. از نظر طول توالی نیز به دو گروه هم ردیفی محلی (Local Alignment) و هم ردیفی کامل (Global Alignment) دسته بندی می شود. از جمله مهم ترین ابزارهای مورد استفاده به منظور هم ردیفی یا Alignment می توان به Blast، MUMer، COG، Genome analysis، Ensemble، UCSC، CLUSTALW، MUSCLE و MEGA7 اشاره نمود.

آنالیز فیلوژنتیک:

فیلوژنی از فواصل تکاملی و یا روابط تکاملی، به منظور طبقه بندی ارگانیسم ها (تاکسونومی) بهره می برد. روابط فیلوژنتیک بین ارگانیسم ها بوسیله‌ی درجه و نوع فواصل تکاملی تعیین می گردد. برای درک بهتر این موضوع، بایستی با مفهوم تاکسونومی آشنا شویم. تاکسونومی علم نامگذاری، دسته بندی و توصیف ارگانیسم ها می باشد. تاکسونومیست ها ارگانیسم های مختلف در تاکسا های (گروه ها) مختلف را طبقه بندی می کنند. این ها بعدا بسته به شباهت های بیولوژیکی با هم دسته بندی می شوند. هر درخت فیلوژنتیک از یکسری انشعاباتی با نام ریشه، شاخه، گره و نوک تشکیل شده است. ریشه نشانگر جد مشترک و قدیمی همه ی گروه ها می باشد. هر شاخه نماینده ی یک گونه و گره ها در واقع محلی هستند که دو گونه از هم جدا می شوند. به منظور رسم یک درخت فیلوژنتیک ابتدا بایستی توالی ژن مورد مطالعه را از پایگاه های داده ی مناسب آن گونه بدست آوریم. یکی از نرم افزارهایی که به منظور آنالیزهای فیلوژنتیک تعبیه شده است نرم افزار Mega می باشد که توالی بدست آمده از موجود مورد مطالعه را در آن وارد می کنیم و اقدام به هم ردیفی توالی های مورد مطالعه می نماییم. در مرحله ی بعد با توجه به نوع مطالعه ی مورد نظر می توانیم انواع روش های رسم درخت که مناسب مطالعه ی ماست را انتخاب و درخت فیلوژنی را رسم نماییم. از جمله مهم ترین الگوریتم ها به منظور رسم درخت فیلوژنتیک می توان به روش UPGMA، Neighbour-joining(NJ)، Maximum parsimony (MP) و Maximum-likelihood (ML) اشاره نمود.

آنالیز سایت های برش آنزیمی:

آنزیم های محدود کننده یا آنزیم های محدودگر (Restriction Enzyme) از گروه آنزیم های اندونوکلئاز هستند که باعث برش DNA در محل های ویژه ای می شوند که به این توالی های نوکلئوتیدی جایگاه شناسایی یا سایت برش (recognition sites) می گویند. آنزیم های محدود کننده به دو صورت انتهای چسبنده (sticky end) و انتهای صاف (blunt end) توالی نوکلئوتیدی مورد نظر را برش می دهند. خدمات مرتبط با آنالیز سایت های برش آنزیمی در آزمایشگاه ژنیران صورت می گیرد که در این راستا با استفاده از نرم افزارهای آنلاین nebcutter و gene runner اقدام به  آنالیز سایت های برش آنزیمی می نماید.

یافتن مارکرهای تکراری در ژنوم (Repeats ):

توالی های تکراری ساده (SSRs)، که همچنین با نام تکرارهای پشت سر هم کوتاه (STR) یا ریز ماهواره یا میکروساتلیت ها شناخته می شوند، به طور وسیعی در ژنوم پروکاریوت ها و یوکاریوت ها توزیع شده اند. طول یک توالی تکراری ساده (SSRs)، تنوع های درون و بین گونه ای متعددی را نشان می دهند که در درجه ی اول به دلیل نرخ بالای خطای تکثیر DNA در SSR ها می شود.

از این رو، توالی های تکراری ساده (SSRs) به طور گسترده ای برای طراحی مارکرهای مبتنی بر PCR مورد استفاده قرار می گیرند که برای شناسایی ژنتیک جمعیت، نقشه برداری ژنوم و برنامه هایی مانند هدف گذاری ژن های مرتبط با صفات در هنگام انتخاب به کمک مارکرها، بسیار مفید می تواند باشد.

بررسی مارکرهای مختلف مولکولی:

یکسری تفاوت هایی بین توالی DNA و کروموزوم های افراد وجود دارد که این اختلاف ها را می توان به عنوان مارکر یا نشانگر به منظور مطالعه تنوع های ژنتیکی مورد استفاده قرار داد. تفاوت های مذکور ممکن است به صورت فنوتیپی قابل رویت باشند و یا با استفاده از آنالیز مستقیم DNA شناسایی نمود که در نتیجه ی تغییراتی است که در نواحی غیر کد کننده رخ می دهد. به این دسته از نشانگرها، مارکرهای ژنتیکی گفته می شود که به سه دسته مارکرهای مورفولوژیکی، مارکرهای سیتولوژیکی و مارکرهای مولکولی تقسیم بندی می شود. در آزمایشگاه ژنیران، خدمات PCR-RFLP، ARMs و tetra-ARMs برای بررسی مارکرهای مختلف مولکولی و انواع تنوع ها از جمله جهش های منجر به بیماری های مختلف، SNP و غیره ارائه می گردد.

پیدا کردن اهداف ژنی miRNA ها:

microRNA ها که به اختصار miRNA نیز نامیده می شوند، جز گروه non-coding RNA ها یا ncRNA ها هستند که طولی در حدود 17 الی 25 نوکلئوتید دارند. miRNA ها در تنظیم بیان ژن نقش کلیدی دارند که با برهمکنش با ژن های هدف موجب تنظیم بیان ژن ها می گردند. در آزمایشگاه ژنیران، برای پیدا کردن اهداف ژنی miRNA ها از نرم افزارهای تحت وب miRDB، miRBase، miRTar و mirwalk بهره می گیریم.