نحوه ثبت ژن در NCBI

نحوه ثبت ژن در NCBI

بیوانفورماتیک یک حوزه ای جدید بین رشته ای می باشد که که ادغامی از علوم زیست شناسی سلولی مولکولی، علوم کامپیوتری و تکنولوژی اطلاعاتی می باشد. پایگاه های متعددی به منظور ثبت و نگهداری داده های خام اولیه یا توالی های ژن، mRNA و پروتئین وجود دارد که از جمله ی آنها می توان به پایگاه داده ی جامع و کاربردی NCBI اشاره نمود.

پایگاه داده ی NCBI مخفف National Center for Biotechnology Information می باشد که برای دسترسی به پایگاه داده ی NCBI می توانید از آدرس https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ استفاده نمایید.

علاوه بر پایگاه داده ی NCBI پایگاه داده های بیوانفورماتیکی متعددی مانند پایگاه داده ی EBI (European Bioinformatic Institute) به آدرس http://www.ebi.ac.uk و پایگاه داده ی EXPASY (Swiss Institute of Bioinformatic) به آدرس http://www.expasy.org و پایگاه داده ی DDBJ (DNA Database of Japan) به آدرس http://www.ddbj.nig.ac.jp نیز برای ثبت و پذیرش داده های مولکولی وجود دارند. پایگاه داده های فوق الذکر سالانه به روز رسانی می شوند.

در این مطلب نحوه ی ثبت توالی های ژن در پایگاه داده ی NCBI را توضیح می دهیم.

نحوه ارسال اطلاعات به GenBank

مهمترین منبع داده های جدید برای GenBank ارسال مستقیم توسط دانشمندان است. GenBank برای کمک به حفظ جامعیت پایگاه داده تا حد امکان، به روز و دقیق بودن به مشارکت کنندگان خود وابسته است. NCBI پردازش و بررسی بیولوژیکی به موقع و دقیق ورودی‌های جدید و به‌روزرسانی‌های ورودی‌های موجود را فراهم می‌کند و آماده کمک به نویسندگانی است که داده‌های جدیدی برای ارسال دارند.

دریافت شماره دسترسی برای رکوردهای ارسالی

اکثر مجلات به توالی DNA و اسید آمینه ای که در مقالات ذکر شده است به عنوان بخشی از فرآیند انتشار به یک مخزن توالی عمومی (DDBJ/ENA/GenBank – INSDC) نیاز دارند.

تبادل داده بین DDBJ، ENA و GenBank روزانه انجام می‌شود، بنابراین تنها لازم است توالی را به یک پایگاه داده ارسال کنید، هر کدام که راحت‌تر است و بدون توجه به جایی که توالی ممکن است منتشر شود.

داده های توالی ارسال شده قبل از انتشار را می توان در صورت درخواست محرمانه نگه داشت. GenBank شماره های الحاقی را برای توالی های ارسالی، معمولا ظرف دو روز کاری ارائه می دهد. این شماره دسترسی به عنوان یک شناسه برای داده‌های ارسالی شما عمل می‌کند و به جامعه اجازه می‌دهد تا با خواندن مقاله مجله، توالی را بازیابی کند. شماره دسترسی باید در دست‌نوشته شما، ترجیحاً در پاورقی در صفحه اول مقاله، یا بر اساس رویه‌های مجلات فردی درج شود.

موارد ارسالی به GenBank

گزینه های مختلفی برای تهیه و ارسال داده ها به GenBank وجود دارد. ابزارهای ارسال مبتنی بر وب که به طور خودکار به GenBank ارسال می شوند:

Bankl یک ابزار ارسال مبتنی بر WWW برای هدایت فرآیند ارسال است.

پورتال ارسال، یک سیستم یکپارچه برای چندین نوع ارسال می باشد. در حال حاضر تنها توالی‌های RNA ریبوزومی (rRNA)، rRNA-ITS، COX1 میتوکندریایی، آنفولانزا، نوروویروس، Dengue یا SARS- CoV-2 قابل ارسال به GenBank هستند. Assembly های ژنوم و ترنسکریپتوم را می توان به ترتیب از طریق پورتال ژنوم و TSA ارسال کرد. این بخش در آینده گسترش خواهد یافت و انواع دیگر ارسال‌های GenBank را نیز شامل خواهد شد.

ابزارهای آماده سازی ارسال که نیاز به آپلود از طریق پورتال ارسال یا ایمیل به gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov در صورت لزوم دارند عبارتند از:

Table2asn یک دستور محور می باشد که جایگزین ابزار قدیمی tbl2asn می باشد که ایجاد رکوردهای توالی برای ارسال به GenBank را خودکار می کند. این در درجه اول برای ارسال ژنوم های حاشیه نویسی و دسته های بزرگی از توالی ها استفاده می شود و توسط FTP برای استفاده در سیستم عامل های MAC، PC و Unix در دسترس است.

Genome Workbench مجموعه ای غنی از ابزارهای یکپارچه را برای مطالعه و تجزیه و تحلیل داده های ژنتیکی ارائه می دهد. گزینه Submission Wizard به شما این امکان را می دهد که ارسالی از ژنوم های یوکاریوتی و پروکاریوتی را آماده کنید. همچنین می توانید از Genome Workbench برای ویرایش و تجسم یک فایل ASN1 ایجاد شده توسط table2asn استفاده کنید.

ارسالی از خوانش های توالی خام

نسخه‌های خوانده‌شده بدون مونتاژ، به عنوان مثال از 454 یا Illumina یا PacBio، می‌توانند به بایگانی خوانش های توالی یا SRA ارسال شوند.

به روز رسانی یا اصلاح یک توالی  GenBank

بازبینی یا به‌روزرسانی ورودی‌های GenBank می‌تواند توسط ارسال‌کنندگان در هر زمان انجام شود. اطلاعات مربوط به فرمت صحیح انواع مختلف به‌روزرسانی‌ها را می‌توانید در صفحه دستورالعمل‌های به‌روزرسانی پیدا کنید. به روز رسانی ها و ویرایش ها را به gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov ارسال کنید. حتماً شماره دسترسی توالی که قرار است به‌روزرسانی شود، در قسمت موضوع ذکر کنید.

محرمانه بودن

برخی از نویسندگان نگران هستند که ظاهر شدن داده های آنها در GenBank قبل از انتشار، کار آنها را به خطر بیندازد. GenBank در صورت درخواست، انتشار مطالب جدید را برای مدت زمان مشخصی متوقف خواهد کرد. با این حال، اگر شماره دسترسی یا داده های توالی به صورت چاپی یا آنلاین قبل از تاریخ مشخص شده ظاهر شود، توالی شما منتشر خواهد شد.

به منظور جلوگیری از تاخیر در ظاهر داده های توالی منتشر شده، از نویسندگان می خواهیم که ظاهر داده های منتشر شده را به ما اطلاع دهند. به محض در دسترس قرار گرفتن، لطفاً اطلاعات کامل انتشار – همه نویسندگان، عنوان، مجله، جلد، صفحات و تاریخ – را به آدرس زیر ارسال کنید: update@ncbi.nlm.nih.gov

حریم خصوصی

اگر توالی های انسانی را به GenBank ارسال می‌کنید، هیچ داده‌ای که می‌تواند هویت شخصی منبع را فاش کند، وارد نکنید. فرض ما این است که شما هر گونه مجوز رضایت آگاهانه لازم را که سازمان شما قبل از ارسال توالی خود نیاز دارد، دریافت کرده اید.

از کارآموزی های ژنیران دیدن فرمایید:

کارآموزی بیوانفورماتیک

دوره های آموزشی