طراحی یک داروی ساده ,

در این مرحله با کمک نرم افزار های لازم که در بخش آشنایی با تمام نرم افزار های معذفی شدند یک داروی ساده سنتز شده از قبل از سایت PDB از دل یک پروتئین هدف استخراج شده  آنرا دوباره مدل سازی کرده و سپس دوباره با همون پروتئین داک میکنیم انگار جلوی ما روش تهیه آسپرین را بدهند و بخواهند دقیق طبق آن عمل کنیم که خب کار ساده ای است اما در مرحله دوم که قراره خودمون یه دارویی که وجود نداره را سنتز کنیم خواهید دید که این مسئله آنقدر هاهم ساده نبوده و چالشی عظیم دارد چراکه طراحی یک دارو ملزم به اپتیمایز شدن یا پایداری کوانتومی است که نیازمند وقت و مهارت بالایی است که اینکار با نرم افزار هایی مثل هایپر کم رخ می دهد. کار با هایپر کم ساده نبوده و باید مسیر هایذ محاسباتی خاصی برای هر مولکول اتخاذ شود شما در بخش طراحی یک داروی پیچیده یاد می گیرید چطوری با کمک یک نرم افزار واقعا یک دارو مدل سازی کنید و اتم به اتم آن را در فضا شبیه سازی کنید و مورد برسی قرار دهید.

طراحی یک داروی پیچیده

در این بخش با کمک اطللاعاتی که از بخش طراحی ساده دارو بدست آوردیم با کمک نرم افزار های لازم اتم به اتم باید داروی شما در یک فضای سه بعدی رسم شود و مولکول شما از دل اتم ها شکل گیرد در این مرحله واکنش هر اتم با اتم مجاور به قدری مهم است که شاید برای طراحی یک دارو درشت مولکول نیازمند ابر کامپیوتر باشیم در این مرحله هدف طراحی یک داروی از پیش تهیه نشده است و دارویی طراحی خواهد شد که مانند آن وجود ندارد این زمینه مهم است چراکه به شما کمک می کند با دانش بدست آمده هر نوع مولکول دیگری را طراحی کنید. در این مرحله از شما تمرین های زیادی خواسته خواهد شد تا خود شماهم شخصا یک دارو طراحی کرده و تحویل دهید نقش حل تمرین در این مرحله بسیار مهم است. در این مرحله نگاهی کوتاه به جدول تناوبی استفاده از آن و نرم افزا هایی برای رسم مولکول مثل هایپر کم خواهیم داشت و با دقت بسیار زیادی بعد معرفی لازم قذم به قدم داروی خاصی را طراحی خواهیم کرد و نقش هنر در طراحی دارو در کنار علم شیمی و زیست شناسی را با چشم خواهیم دید. آن وقت شما خواهید دریافت که تمام اشکال واقعی از یک مولکول در کتبی مثل بیوشیمی لنینجر با همین نرم افزار ها طراحی شده و مورد استفاده قرار گرفته است پس نه تنها طراحی یک دارو برای کار های عملی مفید است برای حوزه های مقاله نویسی و کتاب نویسی هم اهمیت فراوانی دارد