آماده سازی رسپتور برای نرم افزار Auto dock

بعد از طراحی موفق لیگاند نوبت به طراحی رسپتور می رسد قبلا درباره رسپتور صحبت کردیم و گفتیم  رسپتور میتواند یک دریافت کننده لیگانند مثل یک کانال غشایی و حتی یک آنزیم باشد به هر حال شما در طراحی دارو اتفاقا قراره پنین رسپتوری را مهار کنید فرض کنید پروتئین خاصی عامل یک بیماری است پس شما در مرحله قبل که طراحی و اماده سازی یک لیگاند مناسب است یک داروی ایده آل طراحی کردید سپس بعد این طراحی به برسی و آماده سازی پروتئینی می پردازید که قراره با لیگاند طراحی شده وکنش دهد. جهت انجام اماده سازی باید رسپتور هم با پسوند pdbqt ذخیره شود تا فرایند اتوداک شروع شود بدین منظور برنامه باز شده و یک فایل conf.txt ایجاد می کنیم و مولفه های وارد شده در اتوداک یعنی اطلاعات مربوط به grid box را وارد می کنیم و آنرا در پوشه vina کپی می کنیم سپس در همان پوشه vina نیاز داریم فایل cmd باز شده و خط فرمان هایی به منظور فرایند داکینگ بنویسیم و بعد از زمان لازم برای انجام داکینک نتیجه را در نرم افزار اتوداک و نرم افزار های مربوطه برسی کنیم. بعد از این آماده سازی ها فرایند داکینگ آغاز شده و نتیجه با کمک نرم افزار لیگ پلات که یک نرم افزار مشخص کننده فعل انفعالات شیمیایی است مورد برسی قرار می گیرد و فایل های خروجی توسط این نرم افزار مورد برسی قرار می گیرد خود نرم افزار اتوداک نتجیه را به صورت انرژی گیبس واکنش خواهد داد اما برای برسی اتم به اتم واکنش باید از نرم افزار ligplot استفاده کرد