آشنایی با تمام نرم افزار های لازم

داکنیک مولکولی و طراحی دارو نیازمند تسلط به روی بسیاری از نرم افزار های شبیه مثل notpad++  جهت تغیر اطلاعات هر مدل و یا برنامه هایی نظیر هایپر کم جهت طراحی لیگاند ها و دارو های مختلف است ما در این جلسه سعی در شناخت تمامی نرم افزارهای لازم جهت طراحی دارو داریم اما در این جلسه از آن ها استفاده نخواهیم کرد و به نصب و برسی آن ها می پردازیم.

• افزار ADT
• ChemOffice
• Gaussian
•  Viewer Lite

تمامی این نرم افزارها بر پایه مدل سازی و بهینه سازی هستند بهینه سازی یک ماده یعنی وقتی یک دارو یا لیگاند طراحی کردیم باید از نظری مکانیک کوانتوم در سطح انرژی پایه قرار داشته باشد و پایدار باشد بنابراین مولکول طراحی شده باید اپتیمایز شود که این کار با روش های شیمی کوانتومی انجام خواهد گرفت.

نرم افزار ADT یک نرم افزار از مجم.عه اتوداک است که در آن فرایند شبیه سازی رخ داده و میشود به آنالیز واکنش داده شده پرداخت

اما قبل اینکه این ئاکنش برسی شود لازمه گاهی مولکولی طراحی شود به این منظور از نرم افزار های شبیه سازی مولکولی مثل Chem Office استفاده میشود که بر مبنای شیمی محاسباتی هستند. در این بین نرم افزار های دیگه ای مثل گوسین و یا هایپر کم توسعه پیدا کرده اند که هرکدام مزایا و معایب خود را دارند اما بعد طذاحیس این مولکول و پایدار کردن آن نیاز داریم به روی مولکول یکسری تغیرات آماده سازی جهت داکینگ کنیک که برای این منظور از viewer lite استفاده میکنیم