تکنیک ها
آموزش بانک های اطلاعاتی اسید های نوکلئیک
آموزش بانک های اطلاعاتی اسید های نوکلئیک
تحلیل داده ها از جمله کاربردهای مهم بیوانفورماتیکی می باشد. با توجه به گسترش همه روزه ی توالی های اسیدنوکلئیکی، جهت دسترسی سریع و متعاقبا مقایسه داده ها با یکدیگر، نیازمند پایگاه داده های اسید نوکلئیکی برای ذخیره داده ها برای اهداف آتی می باشد. یک نمونه ی گسترده و معروف از تحلیل داده ها، پروژه ی ژنوم انسان است که از سال 1990 تا 2003 به طول انجامید.
از جمله پایگاه های داده اسید نوکلئیک، پایگاه داده ی GeneBank می باشد. پایگاه داده ی GeneBank توسط NCBI اداره می شود.
آغاز به کار رسمی پایگاه داده ی GeneBank در آزمایشگاه ملی لوس آلاموس در سال 1982 می باشد. که همزمان پایگاه داده ی EMBL در آزمایشگاه زیست مولکولی اروپا به طور رسمی کار خود را شروع کرد. بعدها در سال 1984 بانک داده DDBJ ژاپن نیز به پایگاه داده ی GeneBank و پایگاه داده ی EMBL ملحق گردید. پایگاه داده ی GeneBank در سال 1992 نقش خود را به NCBI واگذار نمود و در سال 1994، EMBL فعالیت خود را به EBL منتقل نمود.
در حال حاضر توالی های اسید نوکلئیکی در سه پایگاه داده ی EMBL/DDBJ/GeneBank نگهداری می شوند. هر 24 ساعت داده های جدید بین این سه پایگاه داده به اشتراک گذاشته می شوند. همکاری بین المللی پایگاه های توالی اسید نوکلئیکی (INSDC) از جمله همکاری های قدیمی و بنیادین محسوب می شود.
اطلاعات GeneBank هر دو ماه یکبار عرضه می شود و از طریق سایت ftp در دسترس است. یادداشت های نسخه ارائه شده GeneBank اطلاعات مفصلی در مورد انتشار و اعلان های تغییرات آینده در GeneBank ارائه می دهد. یادداشت های نسخه های قبلی GeneBank نیز موجود می باشد.
راه های دسترسی به GeneBank
روش های مختلفی برای جستجو و بازیابی داده ها از GenBank وجود دارد:
جستجو GeneBank از طریق ID توالی و annotation از طریق Entrez Nucleotide.
جستجو و هم ترازی توالی های Genebank با یک توالی Query با استفاده از BLAST (Basic Search Alignment Search Tool).
جستجو، پیوند و بارگیری توالی ها از طریق NCBI e-utilities.
فرمت های ASN.1 و flatfile در سرور FTP سایت NCBI در دسترس است:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/ncbi-asn1 و ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank.
دوره کارآموزی بیوانفورماتیک آزمایشگاه ژنیران
سلام خسته نباشید فیلمی تحت عنوان آموزش پایگاه داده ای embl دارین؟
سلام نه متاسفانه
برای یادگیری این مطالب میتوانید در دوره بیوانفورماتیک شرکت کنید.
سلام. این دوره به صورت آنلاین برگزار میشه؟ بعد از این دوره امکان نگارش مقاله هم داریم یا خیر؟
سلام دوست عزیز
منظور شما کدام دوره است؟
تحلیل داده ها از جمله کاربردهای مهم بیوانفورماتیکی می باشد. این دوره ها را با عملکرد بالا پیش بردیم
روش های مختلفی برای جستجو و بازیابی داده ها از GenBank وجود داره. همه روشها رو یادگرفتیم
این دوره هم با مطالب جدید آشنا شدیم که هم پر بار بوده و هم از نظر علمی عالی بود
سلام دوست عزیز ممنون از دیگاهتون
اطلاعات GeneBank هر دو ماه یکبار عرضه می شود و از طریق سایت ftp در دسترس است.خوب و بهینه بود