برای بررسی اثر پروبیوتیک روی میگو دو راه اصلی پروتئومیکس دارید:

۲D-PAGE + شناسایی پروتئین‌ها با MS

مناسب برای دیدن تغییرات کیفی و تا حدی کمی الگوی پروتئینی

نیازها: هموژنایزر، سانتریفیوژ، سیستم ۲D ژل، اسکنر ژل، در صورت امکان MALDI-TOF/MS برای شناسایی لکه‌ها

LC–MS/MS (پروتئومیکس کمی label-free یا TMT)

دقیق‌تر و کمی؛ برای مقایسه گروه شاهد و پروبیوتیک بعد از ۳ ماه

نیازها: کیت یا بافر استخراج پروتئین، تریپسین برای هضم، HPLC، دستگاه LC–MS/MS و نرم‌افزار تحلیل (مثل MaxQuant)

معمولاً به صورت سرویس در هسته‌های پروتئومیکس دانشگاهی یا شرکت‌ها انجام می‌شود.

هزینه‌ها: بسته به تعداد نمونه و نوع روش، معمولاً از چند میلیون تا ده‌ها میلیون تومان برای کل پروژه متغیر است، و بهتر است قیمت دقیق از مرکز پروتئومیکس یا شرکت خدماتی پرسیده شود.

پروتئومیکس غیر هدفمند یک روش جامع و گسترده برای مطالعه پروتئوم‌ها، یعنی کلیه پروتئین‌هایی که در یک سلول، بافت یا سازماندهی زیستی خاص بیان می‌شوند، است. این روش در مقابل پروتئومیکس هدفمند قرار دارد که در آن تمرکز بر روی پروتئین‌های خاصی با ویژگی‌های معین است. پروتئومیکس غیر هدفمند به دنبال درک و تجزیه و تحلیل کلیه پروتئین‌های موجود در نمونه است تا تصویری کامل از وضعیت پروتئومیک در شرایط خاص فراهم آورد.

تکنیک‌های کلیدی در پروتئومیکس غیر هدفمند
طیف‌سنجی جرمی: این تکنولوژی مهم‌ترین ابزار در پروتئومیکس غیر هدفمند است و برای شناسایی، کمی‌سازی و تعیین ساختار پروتئین‌ها استفاده می‌شود. نمونه‌ها ابتدا توسط کروماتوگرافی مایع تفکیک می‌شوند و سپس پروتئین‌ها یا پپتیدهای حاصل توسط طیف‌سنج جرمی تجزیه و تحلیل می‌شوند.
الکتروفورز دوبعدی: این روش برای جداسازی پروتئین‌ها بر اساس بار الکتریکی و وزن مولکولی آن‌ها در دو بعد مختلف استفاده می‌شود و می‌تواند تصویری وسیع از پروتئوم سلولی ارائه دهد.
کاربردها
تحقیقات بیماری‌ها: شناسایی بیومارکرها و مسیرهای بیماری‌زا در بیماری‌های مختلف، از جمله سرطان و بیماری‌های متابولیک.
بیولوژی سیستم‌ها: درک چگونگی تعامل پروتئین‌ها در یک سیستم زیستی و تأثیر شرایط محیطی یا تغییرات ژنتیکی بر پروتئوم.
بهبود فرآیندهای بیوتکنولوژی: بهینه‌سازی تولید پروتئین‌ها و دیگر ترکیبات در صنایع دارویی و کشاورزی.