دوره مهارت آموزی سیستم بیولوژی: R و آنالیز داده های میکرواری

آزمایشگاه ژنیران برگزار کننده دوره کارآموزی سیستم بیولوژی: R و آنالیز داده های میکرواری  می باشد.

۵۰ ساعت آموزش در ۲۰ جلسه ۳ ساعته (یک جلسه آخر امتحان)

کلاس‌های کارگاه سیستم بیولوژی: R و آنالیز داده های میکرواری به صورت ۴ تا ۶ نفره برگزار میگردد

با اعطای مدرک از آزمایشگاه ژنیران-انجمن بیوتکنولوژی کشور و ITE لندن

شروع مجدد دوره:

  • ۱۶ اردیبهشت
  • ۲۳ تیر
  • ۲۸ شهریور
  • هزینه دوره: ۸ میلیون تومان

برای ثبت نام کافیست فقط 20 درصد هزینه کل را بپردازید. 80 درصد باقی مانده را می توانید در اقساط 3 ماهه با چک صیادی پرداخت کنید. اطلاعات بیشتر

مشاوره رایگان
جهت ثبت نام کلیک کنید

The course entitled “Cell Modeling in System Biology” at Geniran laboratory covers following topics

Fundamentals of Omics, Systems Biology and Modeling in Biology

Stem-cell Engineering and regenerative medicine

Designing Industrial microorganism

Essential databases in Omics and Systems biology file formats like SBML

Omics Data Integration and Multi-Omics

Graph theory and association between network and cellular function

Various Biological Networks like GRN, PPI, Signaling Networks and etc

Drawing a network with iGraph package and websites for drawing graphs

Cytoscape and Important plugins

Enrichment Analysis with enrichr, David and GSEA and Gene Ontology

Drawing co-expression network with WGCNA

Drawing and analyzing heatmap, PCA, volcano plots, etc

Dynamical Modeling, kinetics

Cell Cycle, bistability, and action potential modeling

Ordinary and partial differential equation

Networks motifs, its effect on regulation in cell and gene circuit design

معرفی

سلول‌ها که کوچک‌ترین واحد ساختمانی حیات هستند، همگی از میلیون‌ها جزء ریزتر مانند نوکلئیک‌اسیدها، ریبونوکلئیک‌اسیدها، پروتئین‌ها و متابولیت‌ها تشکیل شده‌اند. در وهله اول ممکن است تصور کنیم شناسایی هرکدام از این بیومولکول‌ها و بررسی عملکردشان در سلول می‌تواند برای شناخت یک سلول کافی باشد، اما تنها شناختن این اجزای پراکنده کافی نیست. برای آنکه بتوانیم به شناخت حیات یک‌قدم بیشتر نزدیک شویم، به یک دید تحلیلی دیگر به نام سیستم بیولوژی یا Systems Biology احتیاج داریم.

زیست‌شناسی سامانه‌ ای یا همان سیستم بیولوژی، با هدف ایجاد یک نگاه کلی‌نگر یا هولستیک به وجود آمد، چراکه باتوجه‌به جمله‌ای منتسب به ارسطو، “کل بزرگ‌تر از مجموع اجزاست”. همان‌طور که می‌دانیم، اجزای سلول در تعامل با یکدیگر کار می‌کنند و این تعاملات آن‌قدر متعدد و پیچیده هستند که با هم سیستم‌های پیچیده‌ای را تشکیل می‌دهند.

پس برای آنکه بتوانیم یک سلول را بشناسیم و رمز این سیستم‌های بیولوژیکی را باز کنیم، باید دید خود را کمی وسیع‌تر کرده و به سلول به‌عنوان یک سیستم نگاه کنیم. برای مطالعه، نگاه‌کردن مجموع اجزا برای شناختن این سیستم کافی نیست، باید کل این سیستم را در نظر داشته باشیم و اهمیت ویژه‌ای را برای روابط میان اجزا در نظر بگیریم.

با تمرکزکردن بر روی تنها بخشی از سیستم، ممکن است اطلاعات مهمی را در بخش دیگری از این سیستم از دست بدهیم؛ اطلاعاتی که می‌توانست برای درک بهتر سؤال زیستی به ما کمک کند. به همین دلیل، سیستم بیولوژی به دنبال راه‌حل‌هایی برای حل این مشکل است.

برای بررسی سیستم‌های پیچیده زیستی، دیگر نمی‌توانیم به دانش کلاسیک زیست‌شناسی اکتفا کنیم و باید برای تحلیل حجم بالایی از داده نیز راه‌حل پیدا کنیم. همچنین باید در نظر داشته باشیم که سیستم‌های زیستی دینامیک هستند و در طول زمان به فراخور آنکه در چه شرایط محیطی یا درونی قرار دارند، تغییر می‌کنند. پس اطلاعاتی که از یک سیستم بیولوژیک به دست می‌آورید، تنها منحصر به یک زمان مشخص نیست و باید تغییرات اجزا و مقدارشان در طول زمان را نیز در نظر بگیرید.

gene ontology

به همین دلیل است که سیستم بیولوژی، برای رشد خود نیازمند حوزه‌های دیگری از علم مانند زیست‌شناسی، ریاضی، علوم کامپیوتر، بیوانفورماتیک و فیزیک است تا توانایی پیش‌بینی سیستم‌ها را در طول زمان و تحت شرایط مختلف داشته باشد. پس می‌توان آن را حوزه‌ای میان‌رشته‌ای به شمار آورد.

زمانی که بتوانیم از حوزه‌های دیگر علم برای پاسخ به سؤالات زیستی کمک بگیریم، توانایی خود را برای این مسئله پیچیده بیشتر کرده‌ایم. محققین علوم زیستی با تکیه بر نتایج تحقیقات محققین حوزه سیستم بیولوژی مانند مدل‌های پیش‌بینی‌کننده که چندین مقیاس را هم‌زمان در نظر می‌گیرد، می‌توانند نشانگرهای زیستی جدیدی را برای بیماری‌های مختلف کشف کنند، بیماران را بر اساس پروفایل‌های ژنتیکی منحصربه‌فرد طبقه‌بندی کنند و یا حتی تحقیقات خود را بر روی داروها و سایر درمان‌ها معطوف کنند.

پس زیست‌شناسی سیستم‌ها، درنهایت می‌تواند پتانسیلی را برای اکتشافات جدید ایجاد کند تا شاهد نوآوری‌هایی در حوزه علوم زیستی باشیم. پس از به‌دست‎آوردن نتایج با کمک روش‌های مبتنی بر سیستم بیولوژی، می‌توان با بررسی آن‌ها در مقیاس آزمایشگاهی، صحت نتایج را مطالعه کرد. همچنین، به دلیل آنکه با استفاده از نتایج حاصل از این روش، تعداد بیومولکول‌های مورد بررسی خود را کاهش داده‌اید، می‌توانید برخی از هزینه‌های نهایی کارهای آزمایشگاهی را کاهش دهید. حتی ممکن است در تحلیل‌ها به نکاتی برخورد کنید که ممکن است از قبل آن‌ها را در طراحی آزمایش در نظر نگرفته باشید.

محققین سیستم بیولوژی در طول سال‌های گذشته، اطلاعات به‌دست‌آمده از اومیکس مانند ژنومیکس، اپی‌ژنومیکس، ترنسکریپتومیکس، پروتئومیکس، متابولومیکس و غیره را گردآوری کرده و در کنار دیگر اطلاعات به‌دست‌آمده از دانش زیست‌شناسی قرار دادند. آن‌ها با مدل‌سازی، تحلیل ریاضی و محاسباتی روابطی که بین این اجزا وجود دارد، دیتابیس‌های جامعی را تولید کرده‌اند تا محققین حوزه‌های علوم زیستی بتوانند تحقیقات خود را بر پایه این دیتابیس‌های جامع جلو ببرند.

galaxy

این دیتابیس‌ها، پایگاه‌های دانشی هستند که به کمک آن‌ها می‌توانیم آنالیزهای انریچمنت یا Enrichment Analysis را برای مسیرهای زیستی و یا ژن‌ها (آنالیز ژن انریچمنت) انجام دهیم تا مهم‌ترین آن‌ها را شناسایی کنیم. از طرفی انجام تحلیل‌های ژن انتولوژی (Gene Ontology) یا هستی‌شناسی ژن، به ما دید بهتری از ارتباط بیومولکول‌ها با اجزای سلولی، فرایندهای زیستی دخیل در آن و عملکرد مولکولی می‌دهند. وب‌سایت‌ها و نرم‌افزارهای مطرح این حوزه نیز می‌توانند به ترسیم شبکه مابین بیومولکول‌های ما کمک کرده و تحلیلی از ساختار شبکه آن‌ها ارائه کنند.

پس برای آنکه بتوانیم از کاربردهای سیستم بیولوژی در تحقیقات خود استفاده کنیم، نیاز به دانش ریاضی یا برنامه‌نویسی پیشرفته نداریم و می‌توانیم با تکیه بر این دیتابیس‌ها یا وبسایت‌هایی که برای سیستم بیولوژی توسعه پیدا کرده‌اند از زیست‌شناسی سامانه‌ای در مطالعات خود بهره ببریم. در عوض، اگر قصد داشته باشیم که در توسعه این حوزه از علم سهیم باشیم، باید توانمندی خود را در زمینه‌های محاسباتی افزایش دهیم.

بااین‌حال، برای استفاده از سیستم بیولوژی، زیست‌شناسان تنها نیاز دارند که پایه‌ای از برنامه‌نویسی، ریاضی، آمار داشته باشند و با دیتابیس‌ها، نرم‌افزارها (مانند سایتواسکیپ یا Cytoscape) و وبسایت‌های پرکاربرد آن (مانند Enrichr برای آنالیز غنی‌سازی) آشنا باشند.

امروزه به دلیل اهمیت داشتن دید محاسباتی در کنار دانش‌های کلاسیک، پروژه‌های تحقیقاتی و بازار کار نیز به سمت جذب متخصصانی می‌روند که تجربیاتی در این زمینه‌ها دارند، چراکه این افراد می‌توانند تحلیل جامع‌تری را از مسائل ارائه دهند. به‌دست‌آوردن مهارت‌های بیشتر، شانس متقاضیان را برای قرارگرفتن در موقعیت‌های شغلی و تحقیقاتی موردنظر افزایش می‌دهد.

کاربرد سیستم بیولوژی به حوزه‌های زیست‌پزشکی منحصر نمی‌شود و از آن در حوزه‌های دیگر نیز استفاده می‌شود. زمانی که بتوانیم عملکرد یک سیستم را بشناسیم، می‌توانیم با اطمینان بیشتری به دست‌ورزی سیستم‌های زیستی رو بیاوریم. اگر بدانیم که با تغییر چه بخش یا بخش‌های از سیستم، چه پاسخ بیولوژیکی دریافت می‌کنیم، می‌توانیم به دنبال دست‌ورزی هدفمند باشیم تا سلول‌هایی با قابلیت‌های مطلوب تولید کنیم. درنتیجه، زیست شناسی سامانه‌ها، در مراحل بالاتر می‌تواند در حوزه‌های مهندسی متابولیک و سینتتیک بیولوژی نیز کاربرد داشته باشد.

cytoscape

همچنین در مورد  دیگر کاراموزی های بیوانفورماتیکی بخوانید :

کاراموزی بیوانفورماتیک

کاراموزی R و Machine Learning

پی دی اف

برای دانلود درسنامه سیستم بیولوژی به صورت PDF روی تصویر بالا کلیک کنید…

18 دیدگاه برای “کارآموزی سیستم بیولوژی: R و آنالیز داده های میکرواری

  1. خرمی گفته:

    سلام شرکت در دوره کارآموزی R برای افراد بدون هیچ پیش زمینه امکان پذیر هست یا نیاز به آشنایی قبلی با R هست؟

  2. کاربر ژنیران گفته:

    باسلام. دوره سیستم بیولوژی به صورت آنلاین برگزار میشود؟ و بنده که معدل الف هستم هزینه اش چقدر است؟ امکان پرداخت اقساطی هم وجود دارد؟

    • Farbod Esfandi گفته:

      بله بصورت آنلاین میباشد. ده درصد تخفیف معدل الف در نظر گرفته میشه. امکان پرداخت در اقساط ۳ ماهه نیز وجود دارد

    • Farbod Esfandi گفته:

      سلام، تخفیف 10 درصدی شامل افراد دارای معدل الف، کارت ایثارگری یا بهزیستی میشود.
      هزینه را نیز در اقساط 3 ماهه میتوانید پرداخت کنید

  3. کاربر ژنیران گفته:

    سلام. دوره سیستم بیولوژی دوباره چه تاریخی برگزار میشه؟

  4. کاربر ژنیران گفته:

    سلام دوره system biology چه روزها و ساعاتی هست؟
    و اینکه امکان شرکت بصورت آنلاین هست؟

    • Arvin Esfandi گفته:

      با سلام، این دوره بصورت آنلاین برگزار میشود. جهت اطلاعات بیشتر با ما تماس بگیرید

  5. کاربر ژنیران گفته:

    سلام و وقت بخیر.
    آیا سیستم بیولوژی میتونه ارتباط چند ژن رو با یک lncRNA تو سلول نرمال و سرطانی برای من تعیین کنه؟ یعنی میتونه بگه یک lncRNA با چه ژنهایی ارتباط داره؟

    • Farbod Esfandi گفته:

      سلام، بله هدف سیستم بیولوژی پیدا کردن ارتباط بین ژن ها و مسیرهای سلولی که این ژنها در آن دخیل هستند است.

  6. کاربر ژنیران گفته:

    سلام و عرض ادب
    ابتدا برای مطالب بسیار مفید و تهیه ویدئو های ارزشمندتان بسیار سپاسگزارم.
    دو سوال دارم،
    دوره ی طراحی و مدلسازی سلولی برای دانشجوی ارشد ویروس شناسی، کاربرد دارد؟
    برای استفاده کاربردی از این دوره، نیاز به دیتاهای مستخرج از آزمایشات عملی و بسیار گران قیمتی نظیر RNA Seq و بررسی های آنزیمی و … است تا بتوان از این اطلاعات استفاده کرد و آنالیز کرد؟

    سپاس فراوان

    • Admin گفته:

      سلام دوست عزیز
      ممنون از نظر شما.کارشناسان ما سوالاتتون رو به صورت کامل و تخصصی پاسخگو هستند شما نیاز به مشاوره رایگان و تخصصی دارید. لطفا با آزمایشگاه تماس بگیرید.

  7. کاربر ژنیران گفته:

    سلام در مورد دوره کارآموزی برای دانشجو تخفیف دارید؟

    • Admin گفته:

      سلام بله
      برای اعضای هیئت علمی، کارآموزانی که چندین دوره ثبت نام کردندو معدل الف ها و خانواده ایثارگران تخفیف داریم

  8. کاربر ژنیران گفته:

    سلام دوره دوره مهارت آموزی طراحی و مدلسازی سلولی (سیستم بیولوژی) چه روزهایی در هفته برگزار میشود؟

    • Admin گفته:

      سلام دوست عزیز
      تمامی دوره ها من جمله سیستم بیولوژی تاریخ کلاس هایشان در روز اول کلاس با توجه به برنامه کارآموزان و اساتید تعیین خواهد شد. شما میتوانید جهت کسب اطلاعات بیشتر و مشاوره رایگان جهت ثبت نام با آزمایشگاه تماس بگیرید.

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *