خلاصه ای از پایان نامه های انجام شده

نمونه پایان نامه زیست شناسی:

بررسی بیان ژنهای mex X و mex Y مربوط به پمپ افلاکس تحت تاثیر نانو ذره نقره اصلاح ساختار سطحی شده در باکتری سودوموناس آئروژینوزا:

نویسنده: مرجان گودرزیان

آدرس مکاتبات: marmar.goodarzian92@gmail.com

سودوموناس آئروژینوزا یک پاتوژن فرصت طلب و عامل ۱۰ تا ۱۵ درصداز عفونت‌های بیمارستانی می‌باشد. با توجه به مصرف بی رویه آنتی بیوتیک‌ها و باتوجه به مقاومت این باکتری در برابر داروهای ضد میکروبی مطالعات پیرامون شناسایی ترکیبات جدید ضد باکتریایی افزایش یافته است. طبق گزارشات دهه اخیر بخشی از حساسیت ضعیف دارویی این باکتری را مربوط به سیستم‌های پمپ افلکس از جمله mex XY-oprD می‌شود. سیستم mex XY در سودوموناس آئروژینوزا منحصر به فرد است زیرا این اپرون در معرض آنتی بیوتیک‌هایی که به بیرون پمپ می‌کند القا می‌شود. امروزه پمپ‌های افلاکس به عنوان یکی از مهم‌ترین مکانیسم‌های مقاومت آنتی بیوتیک‌ها در باکتری‌ها مطرح شده است. با توجه به گسترش نگران کننده مقاومت به عوامل ضد میکروبی کلاسیک، روش درمانی نوآورانه برای مبارزه با عوامل بیماریزای مقاوم به آنتی بیوتیک مانند نانو ذرات ضروری است. این مطالعه به منظور بررسی بیان ژن‌های mexX وmexY تحت تاثیر نانوذره نقره اصلاح ساختار سطحی شده انجام شده است.


بررسی بیان ژن های LasI و LasR مربوط به بیوفیلم تحت تاثیر نانوذره نقره اصلاح ساختار سطحی شده درباکتری سودوموناس آئروژینوزا

نویسنده: مینا پورمبارک مهنایی

آدرس مکاتبات: minapormobarak200.gmail.com

مقدمه : باتوجه به گسترش نگران کننده مقاومت به عوامل ضد میکروبی کلاسیک به خصوص در مورد بیوفیلم ها، روش های نوین برای مبارزه با عوامل بیماری زا مقاوم به آنتی بیوتیک از جمله نانو ذرات بیان می شود. در این مطالعه اثر نانو ذرات نقره روی بیان ژن های LasR و LasI  مربوط به پيو فيلم سودوموناس آئروژینوزا مورد بررسی قرار گرفته است

روش کار: در مرحله اول نانوذرات نقره به روش سبز با استفاده از عصاره برگ اکالیپتوس سنتز شد. سپس با استفاده از گلوتاتیون اصلاح ساختار سطحی انجام گردید. در مرحله بعد ۵۰ نمونه ایزوله از نمونه های مختلف بالینی بیماران مراجعه کننده به بیمارستان سینا تهران جداسازی شد. ۲۴ سویه تولید کننده قوی بیوفیلم به منظور بررسي اثر نانوذرات نقره انتخاب گردید و MIC نانوذره بدست آمد، در نهایت اثر نانوذره نقره اصلاح شده با گلوتاتیون روی بیان ژن های LasR و LasI مربوط به بیوفیلم سودوموناس آئروژینوزا مورد بررسی قرا گرفت.

نتایج: اثر نانو ذره نقره اصلاح شده با گلوتاتیون در غلظت MIC 2/1  باعث مهارکنندگی رشد باکتری در حدود ۴۳ درصد کاهش بیان ژن LasI  با تفاوت معنی دار شده است. در قسمتMIC 2/1  باعث مهارکنندگی رشد باکتری در  حدود ۴۳ درصد کاهش بیان LasR  در بیو فیلم باکتری در حدود ۱۴ درصد شده است ( P 0 < 05/0 )

 

نتیجه گیری : این مطالعه پیشنهاد می کند که نانوذرات نقره می تواند كاندید مناسب برای مهار تشکیل بیوفیلم سودوموناس آئروژینوزا باشند و نانو ذرات نقره می تواند بیان ژن های LasI و  LasRدر  بیوفيلم سودوموناس آئروژینوزا را کاهش دهند.

کلیدواژگان: نانوذرات نقره، اکالیپتوس، اصلاح ساختار، گلوتاتیون، بیوفیلم، LasR، LasI

 

Investigation of LasI and LasR Gene Expressions Related to Biofilms Under the Influence of Silver Nanoparticle Correction of Planar Structure of Pseudomonas Aeruginosa

Background and objective: Due to the worrisome development of resistance to classical antimicrobial agents, especially in biofilms, new methods are proposed to combat antibiotic-resistant pathogens, including nanoparticles. In this study, the effect of silver nanoparticles on the expression of LasR and LasI genes associated with Pseudomonas anrogynous biofilm has been investigated.

Materials and Methods: In the first step, silver nanoparticles were synthesized using Eucalyptus leaf extracts. The surface structure was then corrected using glutathione. In the next step, 50 isolates were isolated from different clinical samples of patients referring to Sina Hospital in Tehran. 24 strains of biofilm production were selected to evaluate the effect of silver nanoparticles. Finally, the effect of nanocrystalline nanoparticles was investigated. Finally, the effect of glutathione-modified nanoparticles on the expression of LasR and LasI genes from pseudomonas anhydrogenase biofilms was investigated.

Findings: The effect of Nitrogen-modified nano-particle size corrected by glutathione at MIC concentration of 1/2 MAC resulted in a bacterial growth inhibition of 43% reduction of LasI gene expression, with a 1/2 MIC reduction in expression of LasR gene expression in bacterial biofilm in About 14 percent. (p <0.05)

Conclusion: The study suggests that silver nanoparticles can be suitable candidates for inhibiting the formation of Pseudomonas anrogynous biofilms, and silver nano particles can reduce the expression of LasI and LasR genes in biofilms of Pseudomonas anrogynosa.

Keyword(s): Silver Nanoparticles, Eucalyptus, Structure Correction, Glutathione, Konrom Sensing Biofilm, LasI, LasR


اثر کادمیوم بر بیان ژن Connexine37 در رده ی سلولی RAW264_7

نام نویسنده: مهشاد نظرپور

آدرس مکاتبات: Mahshad_nazarpoor@yahoo.com

 

زمینه و هدف: کادمیوم یک فلز سمی بوده که از طریق استنشاق و یا همراه با مواد غذایی وارد بدن شده و سبب ایجاد مشکلات بسیاری در اندام های مختلف بدن می شود. یکی از بیماری هایی که می تواند تحت تاثیر کادمیوم ایجاد شود آترواسکلروز می باشد. کانکسین ۳۷ ژنی است که جهش یا تغییر بیان آن با بیماری های قلبی عروقی در ارتباط است. در این مطالعه تلاش شده است تا تاثیر غلظت های مختلف کادمیوم بر بیان کانکسین ۳۷در رده ی سلولی  RAW264-7بررسی شود.

مواد و روش ها: سلول های رده سلولی ماکروفاژ موشی  RAW264-7 پس از کشت در محیط کشت RPMI غنی شده با FBS به مقدار ۱۰% (V/V)   و نیز پنی سیلین و استرپتومایسین %۱، در معرض غلظتهای ۰۲۵,۰، ۰٫۰۵، ۰٫۱، ۰٫۲، ۰٫۴، ۰٫۸، ۱٫۸، ۳٫۱، ۶٫۳، ۱۲٫۵، ۲۵ و ۵۰ برحسب میلی مول کلرید کادمیوم قرار گرفته و بقای سلول ها پس از ۲۴ و ۴۸ ساعت با استفاده از روش MTT بررسی شد، بیان ژن کانکسین ۳۷ نیز پس از استخراج mRNA  و ساخت cDNA، با استفاده از روش real-time PCR مورد بررسی قرار گرفت.

یافته ها: غلظت IC50 در غلظت ۰٫۱ میلی مولار گروه تیمار ۴۸ ساعته به دست آمد. مقایسه منحنی تکثیر و ذوب بیان ژن connexin-37 نشان داد که میانگین دلتاها در Untreated به طور معناداری بیشتری از میانگین دلتاها در Treated است، بیان ژن connexin-37 در سلول های آلوده شده با کادمیوم نسبت به گروه کنترل کاهش معنی داری نشان داد (p.value<0.0001).

نتیجه گیری: کادمیوم از طریق اثر بر میزان بیان ژن کانکسین ۳۷ می تواند سبب بروز بیماری آترواسکلروزیس

شود

کلیدواژگان: کادمیوم، کانکسین ۳۷، آترواسکلروز

 

 

Background and aim: Cadmium is a toxic metal that enters body through inhalation or foods and lead to many problems in various organs. One of diseases that can be affected by cadmium is atherosclerosis. Connexin 37 is a gene that its mutation or expression is associated with cardiovascular disease. In this study, had tried to investigate the effect of different concentrations of cadmium on expression of connexin 37 in RAW264-7 cell line.

Materials and Methods: RAW264-7 mouse macrophage cell lines were cultured in RPMI enriched with FBS (10% v/v) and penicillin and streptomycin 1%, exposed to 0.025, 0.05, 0.1, 0.2, 0.4, 0.8, 1.8, 3.1, 6.3, 12.5, 25 and 50 mMol of cadmium chloride and cell survival was investigated after 24 and 48 hours using MTT method. Gene expression of connexin 37 was investigated by real time PCR after extracting mRNA and cDNA production.

Results: IC50 concentration was 0.1 mM at 48-hour in treated group. Comparison of the melting and amplification curve of connexin-37 gene showed that the mean of delta in Untreated was significantly more than Treated group. Connexin-37 expression in cadmium-exposed cells showed a significant decrease compared to control group (p.value <0.0001).

Conclusion: Cadmium can lead to atherosclerosis by effects on connexin 37 expression.

Keyword(s): Cadmium, Connexin 37, Atherosclerosis


بررسی میزان بیان ژن های KLF11، PCDH9 و TGFB2 در بیماران مبتلا به سرطان سلول های غیرکوچک ریه

نویسنده: محمد عبدالرضایی اناری

آدرس مکاتبات: mohammad28482@gmail.com

با وجود پیشرفت در تشخیص و درمان، بیماری سرطان یکی از عوامل مهم مرگ و میر در دنیا است. سرطان ریه از اصلی ترین عوامل مرگ و میر ناشی از سرطان در جهان است که سالانه بیش از ۱۸ میلیون نفر در اثر این سرطان جان خود را از دست می دهند. یکی از دلایل شیوع بالای این بیماری بویژه در کشورهای کمتر توسعه یافته عدم وجود قوانین محدود کننده برای کشیدن سیگار می باشد. روش های مختلفی برای درمان سرطان ریه بکار گرفته می شوند که از جمله آن ها می توان به شیمی درمانی، پرتودرمانی و جراحی اشاره کرد. اما این روش ها نیز اکثر اوقات موفقیت آمیز نبوده و تنها اندکی موجب افزایش بهبود بیماران می شوند. انواع مختلف سرطان ریه شامل NSCLC و SCLC وجود دارد که شایع ترین نوع آن NSCLC می باشد. مطالعات متفاوتی حضور ژن های متعدد و موثر در نمونه های سرطان ریه را تایید کرده اند و برخی از آنها بر روی ژن های KLF11، PCDH9 و TGFB2 در سرطان ریه انجام شده است. KLF ها تنظیم کننده های رونویسی هستند که به طیف وسیعی از فرآیندهای سلولی کمک می کنند. ژن PCDH9 متعلق به خانواده پروتوكادهرین است و در چسبندگی سلولی دخالت دارد و TGFB2 چندین پروتئین و آبشارهای سیگنالینگ شامل پروتئین SMAD و آبشار MAPK را فعال می کند. در این مطالعه بیان این ۳ ژن مورد مطالعه قرار گرفت و به همین منظور ۳۰ نمونه بافت تو موری ریوی به همراه بافت نرمال مجاور تومور از بیمارستان دکتر مسیح دانشوری دریافت شده و مراحل استخراج RNA وسنتز cDNA روی نمونه ها انجام گرفت. سرانجام وضعیت بیان ژن ها توسط روش real-time PCR مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که این ژن ها در سرطان سلول های غیر کوچک ریه بیان معناداری از خود نشان نمی دهند.

کلیدواژگان: میرطان سلول های غیر کوچک ریه، KLF11، PCDH9، TGFB2


بررسی میزان بیان ژن های beclin_1، ATG14 و UVRAG مرتبط با اتوفاژی در بیماران مبتلا به سرطان پستان

نویسنده: زهرا روشن

آدرس مکاتبات: zahraroshan1990@gmail.com

سرطان پستان شایع ترین نوع سرطان مهاجم و دومین علت مرگ ناشی از سرطان در زنان است. یکی از عوامل موثر در ایجاد سرطان پستان اختلال در فرایندهای سلولی مثل اتوفاژی است. در واقع اتوفاژی یک فرایند تخریب لیزوزومی چند مرحله ای است که پروتئین هایی با عمر طولانی و ارگان های آسیب دیده را تخریب می کند. در این فرایند ژن های بسیاری از جمله Beclin-1، ATG14 و UVRAG درگیر هستند. هدف ما در این مطالعه، بررسی بیان ژن های Beclin-1، ATG14 و UVRAG مرتبط با اتوفاژی در سرطان پستان بود.

مواد و روش ها: وضعیت بیان ژن های Beclin-1، ATG14 و UVRAG در ۳۰ بیمار مبتلا به سرطان پستان پس از استخراج RNA ژنومی و سنتز cDNA با استفاده از روش RT-PCR بررسی شد.

بحث و نتایج: تغییر بیان معناداری در بیان ژن های Beclin-1، ATG14 و UVRAG میان نمونه های توموری در مقایسه با نمونه های نرمال در بیماران مبتلا به سرطان پستان مشاهده نشد (P>0.05). از آنجایی که اتوفاژی در سرطان های مختلف وابسته به محتویات سلول و مراحل سرطان، نقش سرکوبگر تومور یا آنکوژنی دارد، بنابراین برای تایید این ادعا نیاز به بررسی تعداد بیشتر نمونه سرطان پستان و همچنین بررسی سطح پروتئین های ژن های مذکور می باشد.

کلیدواژگان: بیان ژن، Beclin-1، ATG14، UVRAG، RT-PCR، اتوفاژی، سرطان پستان

 


بررسى تغييرات بيان ژن هاى SGOL1 و SGOL1-AS1 در نمونه هاى بافت سرطان پستان

نویسنده:نگين نسيم

آدرس مکاتبات: Negin.nassim@yahoo.com

چکیده:

سرطان پستان یکی از شایعترین سرطان‌ها در بین زنان محسوب می‌شود. مارکرهای توموری که در بافت سرطانی بیان می شوند نقش مهمی درتشخیص، پیش آگهی و پاسخ به درمان دارند. ژن SGOL1‌ در بافت های نرمال بیان می‌شود. بیان آن در انواعی از سرطان‌ها نیز گزارش شده است. lncRNA ها،RNA های غیر کدکننده بلندی هستند که در فرایند های زیستی مختلف در پیشرفت سرطان پستان نقش مهمی ایفا می‌کنند. ژن SGOL1‌-AS1 از دسته lncRNA است. در صورت بیان بالای این ژن‌ها در بافت توموری می توان از آنها به عنوان اهداف‌ مناسبی برای ارزیابی سرطان پستان استفاده کرد.
مواد و روش‌ها: پس از اخذ تعداد۸۰ نمونه بافت، شامل۴۰ نمونه توموری و ۴۰ نمونه سالم از بانک تومور، استخراج RNA از آنها انجام گرفت. سپس از روی RNAهای استخراج شده cDNA ساخته شد و با روش Real Time PCR، بیان ژنهایSGO1 وSGO1-AS1 همراه با کنترل داخلیGAPDH مورد بررسی قرار گرفت.
نتیجه‌گیری: بیان ژن SGO1در نمونه‌های توموری نسبت به نمونه‌های نرمال۳٫۶ برابر افزایش داشت (Pvalue < 0.0001). علاوه بر این هیچ تفاوت آماری معنا داری در بیان ژن SGOL1-AS1 بین نمونه های سالم و توموری مشاهده نشد (Pvalue = 0.1113).
بحث: از آنجایی که ژن SGO1 دارای بیان بالاتری در نمونه ی بافت توموری نسبت به نمونه ی بافت سالم بود، حائز اهمیت می‌باشد و شاید بتوان با بررسی های بیشتر این ژن را به عنوان کاندیدی جهت مارکرهای توموری مناسب برای اهداف تشخیصی یا درمانی سرطان پستان در نظر گرفت.

کلید واژگان: سرطان پستان، lncRNA، مارکرهای توموری


Author: Peyman Piri

Email Address :Peymanpiri@iCloud.com

The Association Study of Hygienic Behavior and Probiotic Treatment over Gene Expression Regulation (AmDOP3 and Gat-a) to Tolerate Varroa Infection in Apis Mellifera

Abstract

To biologically confront a wide variety of hazardous honeybee diseases, the interaction of hygienic behavior (HGB) and probiotic treatment (PT) was studied to analyse varroa mite Infection (VMI) tolerance. The hypothesized interaction was studied with comparing genes expression regulation in AmDOP3 and Gat-a. Then, two groups of 12 honey bee colony (HBC) were selected out of 150 HBC which had different HGB levels. These HBC were put under 3 different levels of PT using the randomized complete block design (RCBD) method. Then, the difference on the candidate gene expression in the head tissue of 840 bees from the surviving HBC, VMI percentage and the population density of honey bee colony (PDHC) was evaluated.

The relative quantitative real-time PCR results revealed that under PT, Gat-a is down regulation of gene expression (DRGE) (P<0.05) and AmDOP3 was up regulation of gene expression in the HGB block (P<0.01). In the control group and non HGB block, Gat-a was overexpressed while the treated HBC and HGB block were relatively DRGE. Relative expression of AmDOP3 was DRGE as the PT level was increased. The target genes had a signifecant negative correlation with one another. The increment in the PT level, lead to a rise in the PDHC. The VMI percentage and PDHC had a significant negative correlation and VMI toleration is directly linked with PT.

Over expression of Gat-a gene was only observed in the control HBC and the non HGB samples. PT has the ability to synthesize GABA in the digestive system, prevents Gat-a overexpresion and directs the biologic situation towards the ideal like HGB samples. So, the probiotic consumption works as an ameliorator of the neurotransmitter ‘s function that has a known place in HGB and also increases the VM toleration. Probiotics increase HGB by positively changing the molecular mechanism of the honeybees’ brain. It also increases varroa toleration in the HBC by physiological alterations. Improving HGB with the selection not only boosts VMI removal, but it also increases the genetic potential of VM toleration via bio-mechanisms that are victimized via VMI

Keywords(s): honeybee; varroa mite control; hygienic behavior; probiotic; gene expression; dopamine; GABA


بررسی نقش فاکتور رشد شبه انسولین نوع دو  IGF-2 در اختلال حافظه و مرگ سلولی در هیپوکمپ به دنبال سکته هموراژیک در موش صحرایی

نویسنده:فرزانه وفایی باقری

آدرس مکاتبات:Farzanehvafaee@yahoo.com

فاکتور رشد شبه انسولین نوع دو (IGF-2) یک فاکتوررشد و یک سایتوکاین ضدالتهابی است که نقش کلیدی در تثبیت حافظه ایفا می کند. با این حال، نقش این فاکتور در آسیب های حاد مغزی مشخص نیست. بدین منظور در این مطالعه هدف بررسی تغییرات بیان ژن و پراکندگی IGF-2 در روزهای مختلف بعد از آسیب حاد هیپوکمپ  و بررسی نقش IGF-2 در اختلال حافظه و مرگ سلولی ناشی از سکته هموراژیک  (Intracerebral hemorrhagic, ICH) می باشد.

روش کار: در گروه های ICH با تزریق ۱۰۰ میکرولیتر از خون خود حیوان به داخل هیپوکمپ سمت چپ در رت های نر نژاد Sprague-Dawley (وزن ۲۲۰-۲۵ گرم) سکته هموراژیک ایجاد شد. Recombinant IGF-2 30 دقیقه بعد از ایجاد ICH به داخل هیپوکمپ آسیب دیده در یک گروه که چهارده روز زنده می ماند، تزریق گردید. درگروه های شم، جراحی انجام گردید ولی خون به داخل هیپوکمپ تزریق نگردید. سپس در روزهای اول، سوم، هفتم و چهاردهم بعد ازجراحی، تست های رفتاری از قبیل ارزیابی آسیب های نورولوژیکی، ارزیابی فعالیتی حرکتی، حافظه اجتنابی و تست شناسایی جسم جدید انجام شد. در پایان تستهای رفتاری در روزهای ذکر شده، به منظورانجام مطالعات هیستوپاتولوژی، ایمونوهیستوشیمی و بررسی بیان ژن IGF-2 به روش real-time polymerase chain reaction  نمونه بافت مغز به روش مناسب برای هر تست جمع آوری گردید.

نتایج: نتایج ما نشان می دهد که ارزیابی آسیب های نورولوژیکی از روز ۷ به حالت طبیعی برمی گردد و همچنین اختلال حرکتی در تست wire hanging  دیده نشد. زمان تاخیر ورود به اتاق تاریک در گروه های ICH کاهش معنا داری و مدت زمان ماندن در اتاق تاریک افزایش معناداری در مقایسه با گروه های شم داشته است. تزریق recombinant IGF-2 باعث تغییر معناداری در هر دوی این پارامترها شد. حافظه تشخیصی در روز هفتم بعد از جراحی تغییر معناداری نسبت به گروه سکته روز سوم نشان داد ، علاوه بر این گروه سکته روز چهاردهم  نسبت به هر دو گروه شم و سکته روز سوم کاهش معناداری داشته است. در میزان Discrimination ratio در تست شناسایی جسم جدید در گروه تحت درمان با IGF-2 تغییر معناداری با گروه سکته روز چهاردهم  دیده نشد. مطالعات استریولوژی نشان می دهد که حجم هیپوکمپ و تعداد نورون ها در گروه های ICH نسبت به گروه های شم کاهش معنادارو حجم ناحیه آسیب دیده و تعداد سلوهای غیر نورونی و نورون های مرده افزایش معناداری داشته است و با تزریق IGF-2 بهبود معناداری در مطالعات استریولوژی دیده شد. داده های ایمنوهیستوشیمی نشان داد که پراکندگی IGF-2 در گروه های ICH افزایش یافته است و تزریق IGF-2 باعث کاهش معناداری در پراکندگی آن شده است. بیان ژن IGF-2 در تمامی گروه ها نسبت به گروه کنترل افزایش داشته اما تفاوت معناداری بین گروه های شم و ICH دیده نشد. با این حال تزریق IGF-2 باعث کاهش معنادار بیان ژن آن شد.

نتیجه گیری: بر اساس نتایج این مطالعه، احتمالا IGF-2 در اختلال حافظه و مرگ سلولی در آسیب حاد هیپوکمپ بعد از سکته هموراژیک نقش دارد و پراکندگی و بیان ژن آن در روزهای مختلف بعد از آسیب افزایش پیدا می کند. علاوه بر این تزریق IGF-2 می تواند حافظه و آسیب ناشی از سکته هموراژیک را بهبود بخشد.

کلید واژگان:سکته هموراژیک، فاکتور رشد شبه انسولین نوع ۲، حافظه و یادگیری، هیپوکمپ، رت