آزمایشگاه تحقیقاتی ژنیران خدمات زیر را ارائه می دهد:

برای مشاوره با مرکز تماس بگیرید

خدمات مولکولی :

استخراج RNA از میکروارگانیسم ها، خون، رده های سلولی، بافت تازه

استخراج RNA فرآیندی است که طی آن RNA کل موجود در یک نمونه هموژنیزه شده سلولی جدا و تصفیه می‌شود. این روش آزمایشگاهی در بیوتکنولوژی، مهندسی ژنتیک و… کاربرد ویژه‌ای دارد و یکی از پیشنیازهای ضروری در فرآیندهایی همچون PCR و RT-PCR ، نورترن بلاتینگ و دیگر روشها می‌باشد.

سنتز  cDNA

در فرآیندهای مهندسی ژنتیک DNAی مکمل (cDNA) به رشته‌ای از مولکول DNA اطلاق می‌گردد که تحت فعّالیت کاتالیتیک آنزیم رونوشت بردار معکوس از روی رشتهٔ mRNAی بالغ ساخته می‌شود. از DNAی مکمل بطور عمده به منظور تاگ سازی(کلونینگ) ژنهای هوهسته ای (یوکاریوتی) در سولهای سادهٔ پیش هسته ای (پروکاریوتی) استفاده می‌گردد. cDNA همچنین در رتروویروس‌ها (نظیر ویروس نقص ایمنی اکتسابی – HIV) تحت فعّالیت آنزیم رونوشت بردار معکوس سنتز می‌شود که بعداً از طریق الحاق به ژنوم میزبان (تحت فعّالیت آنزیم اینتگراز) برای تولید پروویروس مورد استفاده قرار می‌گیرد.

بررسی بیان کمی ژنها (relative & absolute) با Real-Time PCR و آنالیز داده های آن

بیان ژن فرایندی است که در آن اطلاعات درون ژن استفاده می‌شود تا یک محصول کاربردی از آن بدست آید. محصول ژنها عمدتاً آمینو اسیدی هستند و از محصولات غیر آمینو اسیدی می‌توان به rRNA،tRNA،snRNA اشاره کرد. فرایند بیان ژن به وسیله تمام یوکاریوت‌ها و پروکاریوت‌ها (باکتری‌ها و..). مراحل مختلفی را می‌توان برای فرایند بیان ژن در نظر گرفت که عموماً شامل رونویسی، اتصال RNA، ترجمه و تغییرات بعد از ترجمه یک پروتئین می‌باشد. تنظیم ژن به سلول این امکان را می‌دهد تا بتواند ساختار و کاربرد خود را کنترل کند و این مسئله پایه‌ای است برای تفاوتهای سلولی(تمایز)، دگرگونی(تکامل) و مهارت تطبیق ارگانیسم‌ها با شرایط جدید.از آنجا که تمام سلول‌های بدن ما از یک سلول مشتق شده اند تفاوت‌ها و تمایزات بین سلول‌ها حاصل از بیان شدن یا نشدن قسمت‌هایی از ژن است. تنظیم ژن همچنان می‌تواند به عنوان یکی از زیر لایه‌های تکامل در نظر گرفته شود زیرا کنترل زمان بندی، مکان و مقدار ژن می‌تواند تأثیرات مهمی در عملکرد ژنها درون سلول یا کل ارگانیسم پرسلولی داشته باشد. درعلم ژنتیک، بیان ژن یکی از مهمترین مسائل بنیادی است که کمک می‌کند تا ژنوتیپ به صورت فنوتیپ ظاهر شود. در واقع کدهای ژنتیکی که در رشته‌های DNA ذخیره شده اند به وسیله بیان ژن تفسیر می‌شوند و خصوصیات و نحوه بیان ژن باعث بوجود آمدن فنوتیپ در ارگانیسم خواهد شد.

استخراج DNA از میکروارگانیسم ها، خون، رده های سلولی، بافت تازه، بافت پارافینه:

استخراج دی‌ان‌ای فرایندی است که طی آن دی‌ان‌ای با کمک ترکیبی از روش‌های فیزیکی و شیمیایی از نمونه جداسازی می‌شود.

تعیین غلظت و خلوص اسیدهای نوکلئیک با دستگاه خوانش(NanoDrop) OD

بیسولفیت کردن DNA

خدمات ژنوتایپینگ با روش( High Resolution Melting ( HRM

ژنوتایپینگ (به انگلیسی Genotyping)، فرایندی است که در طی آن تفاوت‌ها در آرایش ژنتیکی (ژنوتیپ) یک فرد بوسیلهٔ بررسی توالی DNA فرد با استفاده از آزمایش‌های بیولوژیکی و مقایسهٔ آن با توالی شخصی دیگر یا یک توالی مرجع مشخص می‌شود

انواعPCR از قبیل RT-PCR PCR-RFLP, ARMS-PCR

Polymerase Chain Reaction که مخفف آن (PCR) می‌باشد. واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) تکنیکی در زیست‌شناسی مولکولی است و به منظور تکثیر یک نسخه منفرد یا نسخه‌های کمی از یک قطعه DNA با توالی خاص به تعداد هزار یا میلیون‌ها نسخه به کار می‌رود. این تکنیک ابزاری آسان و ارزان قیمت برای تکثیر یک قطعه خاص از DNAاست و برای اهدافی همچون تشخیص و نظارت بر بیماری‌های ژنتیکی، شناسایی مجرمان ( در زمینه پزشکی قانونی) و مطالعه عملکرد یک بخش هدف از DNA مورد استفاده قرار می‌گیرد

الکتروفورز عمودی (ژل آکریل آمید) و رنگ آمیزی نیترات نقره

الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید (به انگلیسی Polyacrylamide gel electrophoresis PAGE) تکنیکی است که به طور گسترده در بیوشیمی، پزشکی قانونی، ژنتیک، بیولوژی مولکولی و بیوتکنولوژی به منظور جداسازی ماکرومولکول‌هایی همچون پروتئین‌ها و اسیدهای نوکلئیک مورد استفاده قرار می‌گیرد. جداسازی ماکرومولکول‌ها بر اساس حرکت اللکتروفورتیک آنها انجام می‌گردد. میزان این حرکت به طول، کونفورماسیون و بار مولکول بستگی دارد.

تعیین توالی DNA و آنالیز داده ها

توالی یابی DNA (به انگلیسی DNA Sequencing) فرایندی برای تعیین دقیق ترتیب نوکلئوتیدهای درون مولکول DNA می‌باشد. توالی یابی شامل هر روش یا فناوری ای است که ترتیب چهار باز آدنین، گوانین، سیتوزین و تیمین را در یک رشته از DNA تعیین می‌کند. ظهور روش‌های توالی یابی سریع DNA تا حد زیادی به تحقیقات و اکتشافات در زیست‌شناسی و پزشکی کمک کرده‌است. دانش توالی یابی DNA برای تحقیقات زیست‌شناسی پایه، به یک ضرورت تبدیل شده‌است و در زمینه‌های کاربردی متعددی مانند تشخیص پزشکی، بیوتکنولوژی، پزشکی قانونی، ویروس‌شناسی و زیست‌شناسی سیستماتیک استفاده می‌شود. سرعت بالای توالی یابی که از طریق تکنولوژی‌های مدرن بدست آمده‌است برای توالی یابی کامل DNA یا ژنوم گونه‌های مختلف جانوران همچون ژنوم انسان، بسیاری از حیوانات، گیاهان، و گونه‌های میکروبی مورد استفاده قرار گرفته‌است. در اوایل دههٔ ۱۹۷۰ توالی یابی DNA برای اولین بار توسط محققان دانشگاهی با استفاده از روش دشوار کروماتوگرافی دو بعدی به دست آمد. به دنبال توسعهٔ روش‌های مبتنی بر فلوئورسانس روش‌هایی ابداع گردیده که در آنها از یک توالی یاب دی ان ای استفاده می‌شود، به کمک این توالی یاب‌ها، توالی یابی DNA آسان‌تر و سریع تر شده‌است

بررسی متیلاسیون ژنها با روش های MSP و HRM

دی‌ان‌ای متیلاسیون یا متیل دار شدن دی ان ای (به انگلیسی: DNA methylation) یک فرایند بیوشیمیایی است که در رشد و نمو عادی موجودات رده بالا دارای اهمیت می‌باشد. در این فرایند، یک گروه متیل به موقعیت ۵ حلقه پیریمیدین سیتوزین یا به نیتروژن شماره ۶ حلقه پورین آدنین اضافه می‌شود. این تغییرات می‌تواند از طریق تقسیمات سلولی به ارث برسند


خدمات کشت سلولی:

کشت، تکثیر و نگهداری طولانی مدت رده های سلولی

کشت سلول فرآیندی است که طی آن سلول‌ها تحت شرایط کنترل شده و بیرون از محیط طبیعی شان رشد داده می‌شوند.

بررسی زنده مانی ( Viability ) و شمارش سلولی

شمارش سلول شامل هر روشی برای شمردن یا کمی سازی سلول‌ها در علوم حیاتی، شامل تشخیص پزشکی و درمان می‌باشد. شمارش سلول یکی از زیرمجموعه‌های مهم سیتومتری (سلول سنجی) است که دارای کاربردهای تحقیقاتی و درمان بالینی می‌باشد. برای مثال، شمارش کامل خون می‌تواند به یک پزشک برای تعیین اینکه چرا بیمار احساس مریضی دارد کمک کند و اینکه چه تصمیمی برای کمک به او بگیرد

تکنیک های بررسی سمیت مواد بر روی رده های سلولی(MTT Assay)

سمیت سلولی  خصوصیت سمی‌بودن برای سلول‌ها است. نمونه‌هایی از عوامل سمی یک سلول ایمنی یا برخی از انواع سم، به عنوان مثال از افعی جت (arietans Bitis) یا عنکبوت گوشه نشین قهوه‌ای (Loxosceles reclusa) است.

تیمار سلول ها با انواع دارو ها ، عصاره های گیاهی ، پپتید ها و نانو ذرات

ترنسفکشن سلول ها با DNA و انواع RNA

به ورود DNA به سلول‌های یوکاریوتی (همچون سلول‌های حیوانی) از طریق روش‌های فیزیکی یا شیمیایی، ترانسفکشن (transfection) گفته می‌شود.

انجام تست لوسیفراز و تست های تهاجم و مهاجرت های سلولی

با استفاده از محلول بافر برای تجزیه غشاء سلولی غشاء سلول‌های نمونه را می‌شکنند و آنزیم‌ها و پروتئین‌ها موجود در سلول‌ها (از جمله لوسیفراز‌ی که در اثر انتقال پلاسمید نمونه به سلول‌ها در آنها تولید شده) را خارج می‌کنند. سپس با به کار بردن مقدار مناسبی از لوسیفرین نورافشانی آن را اندازه می‌گیرند.

بررسی میزان آپوپتوز

خزان یاخته‌ای یا آپوپتوز (به انگلیسی: Apoptosis) گونه ای از مرگ سلولی طی فرایند مرگ برنامه‌ریزی‌شدهٔ سلول است که در جانداران پرسلولی به وقوع می‌پیوندد.

کشت سلول اولیه ( Primary Cell Culture) و کشت سلول بنیادی و بررسی تمایز آنها

نامیرا سازی سلول ها


خدمات کشت میکروبی :

کشت افتراقی باکتری ها

رنگ آمیزی کپسول ، گرم ، اسپور

در رنگ‌آمیزی گرم ، باکتری‌ها بر مبنای رنگ باکتری؛ پس از رنگ‌آمیزی، به دو دستهٔ گرم مثبت و گرم منفی تقسیم می‌شوند. رنگ باکتری پس از رنگ‌آمیزی به توانایی باکتری در حفظ رنگ اول؛ و به عبارتی به ساختمان دیوارهٔ سلولی آن باکتری بستگی دارد. در رنگ‌آمیزی گرم باکتری‌های گرم مثبت پس از رنگ‌آمیزی به رنگ بنفش و باکتری‌های گرم منفی به رنگ قرمز مشاهده می‌شوند.

تست های کاتالاز ، گواگلاز همولیز و دیسک گذاری

کاتالاز آنزیمی است که تقریباً در همهٔ موجودات زنده یافت می‌شود. این آنزیم در بعضی از ارگان‌های بدن یافت می‌شود.آنزیم کاتالاز از ریبوزوم های آزاد درونسیتوزول ساخته میشود. این آنزیم آب اکسیژنه را به اکسیژن و آب تجزیه می‌کند

کواگولاز نوعی آنزیم پروتئینی است که به وسیله ریزاندام به وجود می‌آید. کواگیولیز در تبدیل فیبرینوژن به فیبرین نقش مهمی را ایفا می‌کند

Oxidase , IMVic , SIM, TSI, MIC, Biofilm, Efflux Pump Study


خدمات بیوانفورماتیک:

طراحی پرایمر و پروب

به منظور این که مرحله اتصال پرایمر ها(annealing) طی فرایند PCR به درستی اتفاق بیفتد نیاز است تا هر دو پرایمر (forward و revearse) دمای ذوب مشابهی داشته باشند. توالی پرایمرها باید منحصر به فرد بوده و دربردارنده قطعه DNA ی مورد نظر باشند. همچنین باید تا حد ممکن امکان اتصال اشتباه به توالی‌های مشابه وجود نداشته باشد. یک روش متداول که به منظور طراحی پرایمر به کار می‌رود BLAST است. در این روش همه نواحی که امکان اتصال پرایمر به آنها وجود دارد، قابل مشاهده است.

گزینه PrimerBLAST که بستر آن NCBI است امکان طراحی همزمان پرایمر و Blast کردن با توالی را فراهم می‌کند. نرم‌افزارهایی مانند ePrime و Beacon Designer نیز از انواع دیگر این ابزارها هستند. شبیه‌سازی‌های کامپیوتری برای PCR نیز می‌تواند در طراحی پرایمر به ما کمک کند

آنالیز تعیین توالی Sanger

توالی‌یابی سنگر یکی از روش‌های توالی‌یابی دی ان ای بر پایه خاتمه رشته دی اکسی نوکللئوتاید توسط دی ان ای پلیمراز در فرایند همانندسازی دی ان ای است که شرکت Applied Biosystems برای اولین بار تجاری کرد. فردریک سنگر و همکارانش در سال ۱۹۷۷ این روش را ابداع کردند و پرکاربردترین روش برای تقریباً ۳۹ سال است. اخیراً توالی‌یابی به روش «ژن-بعدی» جایگزین توالی‌یابی به روش سنگر برای حجم بالاتر و تحلیل ژنوم خودکار شده است. اما روش سنگر کماکان کاربرد زیادی در پروژه‌های کوچکتر، درستی‌سنجی نتایج ژن-بعدی دارد.

آنالیز NGS شامل آنالیز بالینی اگزوم و پانل و آنالیز RNA seq

(توالی یابی RNA) که به «توالی یابی شاتگانی کل ترانسکریپتوم(Whole Transcriptome Shotgun Sequencing)» نیز معروف است تکنولوژی ای است که با بهره‌گیری از توانایی‌های «توالی یابی نسل بعدی (next-generation sequencing)» برای بدست آوردن تصویری کلی از حضور و مقدار RNA از ژنوم در یک بازهٔ زمانی خاص استفاده می‌کند.

آنالیز فیلوژنتیک

آنالیز فیلوژنتیک به بررسی ارتباط تکاملی گروه‌های مختلف جاندران نظیر گونه‌ها یا جمعیت‌ها می‌پردازد، که از داده‌های توالی‌یابی مولکولی و ماتریس‌های داده‌های ریخت‌شناسی به دست می آید.

شبیه سازی داینامیک مولکولی

شبیه سازی دینامیک مولکولی یکی از مهمترین ابزارها، جهت بررسی اساس فیزیکی ساختار و عملکرد ماکرومولکول های زیستی می باشد.

 در نیم قرن اخیر که بیشتر تمرکزها روی حوزه بیولوژی می باشد، بررسی ساختار و عملکرد ماکرومولکول های زیستی از مهمترین اهداف این حوزه و مطالعات مرتبط می باشد. از زمانی که واتسون و کریک ساختار 3 بعدی DNA را اراِئه دادند سرعت پیشرفت علم بیولوژی سریعتر شد و تا جایی که توانستند ساختار 3 بعدی پروتئین را در دهه 70 شناسایی کنند و قوانین مرتبط با ساختار پروتئین را ارائه دهند (جهت آشنایی با ساختار پروتئین کتاب بیوشیمی استرایر بهترین منبع می باشد).

طراحی دارو و انجام پژوه های Docking

داروپردازی یا طراحی دارو (به انگلیسی: Drug design) فرایند طراحی یک دارو برمبنای یک هدف زیستیِ مشخص است. دارو معمولاً یک مولکول آلی است که کارکرد یک زیست‌مولکول را دستخوش تغییر می‌کند.


خدمات مهندسی ژنتیک و پروتئین:

استخراج پروتئین و تستهای BCA و بردفورد

SDS-Page و رنگ آمیزی کوماسی بلو و نیترات نقره

Western Blot

وسترن بلاتینگ یکی از روش‌های بلاتینگ است که برای تشخیص و آنالیز پروتئین‌ها استفاده می‌شود. این روش یک آزمایش تأییدکننده است و وجود نوعی پادتن(آنتی بادی ایمونوگلوبولین نوع جی) علیه چند نوع پروتئین ویروسی را بررسی می‌کند. این روش در مقایسه با تست الیزا، اختصاصی‌تر است ولی از حساسیت کمتری برخوردار است و چون آزمایشی نسبتاً گران محسوب می‌شود، به عنوان اولین آزمایش انجام نمی‌گیرد و بیشتر در تأیید نتایج مثبت شده تست الیزا بکار می‌رود. تست وسترن بلات در همراهی با تست الیزا، بیش از ۹۹٪ مورد اطمینان خواهد بود.

خدمات کلونینگ و تولید پروتئین نوترکیب در E. Coli

اشریشیا کُلی (نام علمی: Escherichia coli) یا بطور اختصار E.coli، نوعی باسیل گرم منفی از خانواده انتروباکتریاسه‌است که بطور شایع در روده جانوران خونگرم وجود دارد

خوانش پلیت الیزا با دستگاه ELISA-Reader