همکاری در پروژه‌های در حال انجام

شما میتوانید در راستای تقویت رزومه آزمایشگاهی خود یکی از موارد زیر را انتخاب کنید

پژوهش های در حال انجام

پژوهش های در حال انجام در ژنیران

lncRNAs  و نقش آن

RNA های طولانی غیر کد کننده (lncRNAs) دسته ای از مولکول های RNA با طول بیش از 200 نوکلئوتید بوده و برخلاف mRNA ها پروتئین کد نمی کنند.

تحقیقات گسترده در سال های اخیر نشان داده است که lncRNA ها نقش مهمی در فرآیندهای بیولوژیکی مختلف ایفا می کنند. آنها در تنظیم بیان ژن، بازسازی کروماتین، تغییرات اپی ژنتیکی، پردازش و پایداری RNA و تعدیل فعالیت پروتئین شرکت می کنند.

نقش lncrna

فواید مطالعات در حوزه lncRNAs

به طور کلی، lncRNA ها حوزه تحقیقاتی جذاب و به سرعت در حال گسترش را نشان می دهند، و مطالعه آنها لایه های جدیدی از پیچیدگی را در تنظیم ژن و فرآیندهای سلولی کشف می کند.  از جمله این موارد درک عمیق تر مکانیسم های تنظیم ژن، کشف بیومارکرهای جدید به منظور تشخیص زود هنگام بیماری، نظارت و حتی استراتژی های درمان شخصی Personalized Medicine را فراهم می آورد.

برای دستیابی به این هدف با بررسی الگوهای بیان lncRNA ها در بیماران فردی، پزشکان می توانند زیرگروه های خاص یا علائم مولکولی مرتبط با پیشرفت بیماری، پاسخ درمانی یا پیش آگهی را شناسایی کنند. این اطلاعات می‌تواند به تنظیم استراتژی‌های درمانی برای بیماران فردی برای نتایج بهتر کمک کند.

همچنین تجزیه و تحلیل پروفایل های بیان lncRNA می تواند سرنخ هایی در مورد نقش های عملکردی آنها ارائه دهد. محققان با کشف ارتباط بین بیان lncRNA ها با زمینه‌های بیولوژیکی خاص، می‌توانند دخالت آنها در فرآیندهای سلولی، مسیرهای سیگنال‌دهی و مکانیسم‌های بیماری را نیز به دست آورند.

نحوه انجام مطالعات در زمینه lncRNAs

تجزیه و تحلیل بیان RNA طولانی غیر کد کننده (lncRNA) در انسان را می توان با استفاده از تکنیک های Real-time PCR (RT-PCR) انجام داد.

در این روش ابتدا کل RNA از نمونه های سلولی و یا بافت انسانی مورد مطالعه، جداسازی می شود. این روش را می توان با استفاده  از کیت‌های تجاری و یا استخراج فنل-کلروفرم و سپس رسوب ایزوپروپانول انجام داد.

سپس کیفیت و کمیت RNA استخراج شده با استفاده از دستگاه اسپکتروفتومتر ارزیابی شده و  از سالم و عاری از آلودگی بودن RNA اطمینان حاصل می گردد. در ادامه RNA استخراج شده با استفاده از کیت های حاوی آنزیم Reverese transcriptase به DNA مکمل (cDNA) تبدیل می گردد.

پرایمرهای اختصاصی برای lncRNA ها طراحی و سپس سنتز می گردند. مخلوط واکنش Real-time PCR با ترکیب cDNA، پرایمرهای اختصاصی ژن، مسترمیکس حاوی یک رنگ فلورسنت متصل شونده به DNA (به عنوان مثال SYBR Green) انجام می شود.

در نهایت سطوح بیان نسبی lncRNA مورد نظر را با نرمال کردن نسبت به ژن های مرجع مناسب و مقایسه سطوح بیان بین نمونه های مختلف محاسبه می شود.

بیان lncrna

ارزش مقالات lncRNAs

به طور کلی، پروژه‌هایی که شامل تجزیه و تحلیل بیان lncRNAها با استفاده از RT-PCR هستند، بینش‌های ارزشمندی را در مورد تنظیم ژن، کشف نشانگرهای زیستی، خصوصیات عملکردی، شناسایی هدف درمانی و پزشکی شخصی‌سازی شده ارائه می‌کنند و در نتیجه درک و مدیریت ما را در حوزه سلامت و بیماری‌های انسان ارتقا می‌دهند.

ارزش مقالات lncRNAs

توجه به این نکته مهم است که ارزش یک پروژه در Literature صرفاً بر اساس  بر اساس دقت علمی، کیفیت طراحی آزمایشی، جدید بودن یافته‌ها و تأثیر بر یک زمینه خاص است. جامعه علمی ارزش پروژه های تحقیقاتی را از طریق بررسی همتایان، میزان استناد و تأثیری که بر مطالعات بعدی دارند، ارزیابی می کند.

با توجه به این مطلب پروژه‌هایی که الگوهای بیان lncRNA را با استفاده از RT-PCR بررسی می‌کنند، می‌توانند سهم قابل توجهی در زمینه زیست‌شناسی مولکولی و ژنتیک داشته باشند. آنها می توانند بینش جدیدی در مورد نقش lncRNA ها در تنظیم ژن، مکانیسم های بیماری و فرآیندهای سلولی ارائه دهند.

چنین کمک هایی به مجموعه دانش علمی موجود بسیار ارزشمند است. همچنین انتشار یافته های پژوهشی این زمینه در مجلات معتبر یکی دیگر از جنبه های مهم اعتبار و ارزش این چنین کارهای علمی می باشد.

پروژه‌هایی که شامل تجزیه و تحلیل بیان lncRNA با استفاده از RT-PCR می‌شوند، می‌توانند با انتشار نتایج، متدولوژی‌ها و نتیجه‌گیری‌های خود در مجلات مورد بررسی توجه سایر محققان فعال در این زمینه را که تعداد آن ها نیز روز به روز رو به افزایش است را جلب کنند که این مورد خود باعث Citation (استناد دیگر افراد به مقاله) بالای این چنین مطالعات می گردد.

non coding rna and diabetes

One of the most common and fastest growing diseases in the world is diabetes, an endocrine disease characterized by abnormally high blood glucose levels. It is estimated that 693 million adults will be affected by diabetes by the year 2045. Several researches have shown impact of long non-coding RNAs (lncRNAs) and microRNAs (miRNAs) in the pathogenesis of this disorder.

Notably, the unique feature of ncRNAs to target multiple mRNAs defines that targeting a particular miRNA for therapy could have a dramatic effect on the disease process. This review will focus on our current understanding of the role of ncRNA in diabetes, and explore the ncRNA targets which represent the most promising in terms of clinical translation

epigenetic machinery and human cancer

Cancer is characterized by uncontrolled cell growth and the acquisition of metastatic properties. Although the underlying mechanisms of carcinogenesis remain unknown, increasing evidence links epigenetic changes to tumourigenesis. Epigenetic changes are present in all human cancers and are now known to cooperate with genetic alterations to drive the cancer phenotype.

These changes involve DNA methylation, histone modifiers and readers, chromatin remodelers, microRNAs, and other components of chromatin. This review is focused on how epigenetic factors and their modulators such as non-coding RNA shape the outcomes of crucial biological processes such as regulation of gene transcription, and finally led to tumorigenesis. Importantly, targeting epigenetic machinery such as DNMT1 via herbal and molecular agents has also been discussed in the current work.

این قبیل مطالعات به دو بخش تقسیم می شوند‌:
  1. بخش بیوانفورماتیکی
  2. بخش عملی آزمایشگاهی
در بخش بیوانفورماتیک ابتدا داده های High-throughput از قبیل داده های microarray, NGS, و RNA-seq انالیز شده و ژن هایی که بالاترین میزان تغییر بیان ژن را از خود نشان می دهند انتخاب می شوند. سپس بر روی این ژنهای تغییر بیان یافته آنالیزهای شبکه و Protein-protein interaction صورت می گیرد تا مشخص شود که هر کدام از این ژنها در چه pathway/pathways فعالیت میکنند. در مرحله ی بعدی pathway ای که بیشترین ارتباط به بیماری مورد نظر را داشته باشد جهت بررسی های بیشتر انتخاب میشود.
بیوانفورماتیک
در مرحله ی عملی ابتدا با استفاده از تکنیک Real time PCR نتایج حاصل از آنالیزهای بیوانفورماتیکی را تایید نموده و در مرحله ی بعدی با استفاده از آنالیزهای آماری میزان Significant بودن نتایج مورد ارزیابی قرار می گیرد. در نهایت به منظور معرفی ژن یا ژنهای کاندید بعنوان بیومارکر برای بیماری مورد نظر منحنی ROC ترسیم شده و آنالیز می گردد. در بخش انتهایی تمام مسیر طی شده بصورت یک توسط یک تیم حرفه ای به مقاله ی اورجینال تبدیل شده و به منظور چاپ در ژورنال های معتبر از جمله ISI, Springer, Elsevier و … سابمیت می شود.
نمودار realtime