نواحی از کروموزوم که غنی از ژن بوده و عمدتاً GC (GC rich) هستند را یوکروماتین و در مقابل نواحی از Chromosome که غنی از AT (AT rich) و فقیر از ژن هستند را اصطلاحا هتروکروماتین می نامند. در مرحله رنگ آمیزی نواحی هتروکروماتین بعد از رنگ آمیزی به علت فشردگی زیاد رنگ بیشتری در خود نگه داشته و تیره می شوند در مقابل نواحی یوکروماتین با فشردگی کمتر باند های روشن تشکیل می دهند. طی این روش ابتدا کروموزوم ها را با تریپسین کمی هضم کرده و سپس در مجاورت رنگ گیمسا قرار می دهند. به این روش از رنگ آمیزی G-banding گفته می شود که در آن باندهای تیره و غیر فعال از نظر رونویسی را G و باندهای روشن و فعال از نظر رونویسی را R می نامند. هرکدام از این نوار ها به طور متوسط 7mb طول دارند. از دیگر روش های رنگ آمیزی کروموزوم می توان به Q-banding (الگوی نواری مشابه روش G-banding با استفاده از رنگ کویناکرین خردل)، C-banding (جهت رنگ آمیزی مناطق هتروکروماتین دائمی)، R-banding (الگوی نواری، عکس روش G-banding با استفاده از رنگ گیمسا و حرارت)، T-banding (جهت رنگ آمیزی مناطق تلومری و ساب تلومری به کمک رنگ اکریدین اورنج)،NOR-banding (جهت رنگ آمیزی مناطق سازمان دهنده هستکی به کمک نیترات نقره) اشاره کرد.
هر کروموزوم الگوی نوار بندی خاص خود را دارد، بنابراین با دانستن این الگوها می توان هر کروموزوم را زیر میکروسکوپ تشخیص داده و از نظر وجود یا عدم وجود ناهنجاری بررسی کرد.