در این ویدیو لود کردن و ران کردن نمونه های DNA را جهت الکتروفورز با ژل آگارز یاد می گیرید.

برای الکتروفورز با ژل آگارز می توان از تانک الکتروفورز نوع Mini-Sub Cell استفاده نمود. ساب سل دو سیم الکترود دارد که از انتهای دو طرف آن خارج شده است .این الکترود با تولید یک جریان الکتریکی مشخص موجب جدا شدن قطعات DNA در نمونه ما می شود.
اولین نکته ای که در قرار دادن ژل درون تانک حائز اهمیت می باشد، این است که چاهک ها در سمت الکترود منفی یا مشکی رنگ قرار بگیرند. DNA بار منفی داشته و درون ژل از سمت الکترود منفی به سمت الکترود مثبت که قرمز رنگ است حرکت می کند.
ژل آگارز در Gel Chamber قرار داده می شود. سپس بافر الکتروفورز به مخازن بافر در در دو طرف Gel Chamber اضافه می شود. اضافه کردن بافر تا زمانی که دو میلیمتر بالاتر از چاهک های ژل را بپوشاند ادامه می یابد.
نمونه ها بر اساس ترتیب لود شدن در ژل آماده می شوند. جهت برداشتن نمونه و لود کردن آن با سمپلر ابتدا مقدار مشخص در آن ست شده، سپس شاسی آن تا step یک فشار داده شده و تیپ سمپلر وارد نمونه که شامل DNA است می شود. بعد به آرامی شاسی رها شده و نمونه وارد تیپ می گردد.
زمان لود کردن نمونه در چاهک های ژل، تیپ باید به شکل عمود وارد چاهک گردد. اهمیت عمود وارد کردن تیپ درون چاهک برای جلوگیری از احتمال سوراخ شدن ژل می باشد. حال جهت لود نمونه نوک تیپ تا زمانی که از سطح بافر عبور کند و دقیقا در بالای چاهک و یا درون چاهک قرار بگیرد، پایین آورده می شود. شاسی سمپلر به آرامی فشار داده می شود تا نمونه وارد چاهک شود و اینکار تا زمان کامل پر شدن چاهک انجام می پذیرد. شاسی سمپلر ابتدا تا step یک فشار داده شده و پس از یک مکث کوتاه تا step دو فشار داده می شود تا تمام محتویات تیپ وارد چاهک شود. سپس با یک مکث کوتاه دیگر در حالی که هنوز شاسی سمپلر تا step دو فشار داده شده است، به آرامی تیپ از درون چاهک خارج می گردد.
پس از آنکه تمام نمونه ها در ژل لود شدند، به هیچ وجه تانک ژل تکان داده نمی شود. چرا که می تواند موجب ورود نمونه از یک چاهک به چاهک دیگر شود. با توجه به موقعیت صحیح قرار گرفتن الکترود ها در جای خود، درب تانک گذاشته می شود. الکترود ها بر اساس مثبت و منفی بودن و رنگ سیم هایشان به منبع انرژی متصل می گردد.
پس از روشن کردن منبع انرژی، مقدار ولتاژ بر اساس پروتوکل ست می گردد. اگر دستگاه دارای تایمر نیز باشد، می توان زمان مورد نیاز برای انجام الکتروفورز را بر اساس پروتوکل در آن وارد کرد. دکمه استارت زده شده و جریان درون الکترود ها و سپس درون بافر جهت جداسازی قطعات DNA برقرار می گردد.
پس از برقراری جریان، تشکیل حباب هایی که در مجاورت سیم های الکترود در دو انتهای تانک الکتروفورز قرار دارند، دیده می شود. قابل توجه است که تعداد حباب های تشکیل شده در سمت الکترود مثبت کمتر از الکترود منفی می باشد.پس از گذشت چند دقیقه مهاجرت نمونه ها از چاهک های خود به درون ژل دیده می شود. همانطور که مشخص است در نمونه های DNA در تکنیک الکتروفورز با ژل آگارز حرکت آن ها از سمت الکترود منفی به سمت الکترود مثبت می باشد.